药用真菌茯苓基因组密码子使用偏性分析

R931%Q78; 为了解药用真菌茯苓基因组密码子使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特性的因素,以茯苓核基因组和线粒体基因组数据为研究对象,利用CodonW、Mega X和EMBOSS等软件对基因密码子使用偏性进行分析,根据中性绘图、奇偶偏性绘图、ENC-plot和对应性分析推测茯苓基因组密码子偏性形成的影响因素.茯苓核基因平均GC含量为57.28％,同义密码子第3位偏好G/C碱基;茯苓核基因密码子偏性主要受选择作用影响,而线粒体基因除了受选择作用影响,还受到较强的碱基突变影响;茯苓核基因部分同义密码子间RSCU值差异较大,高频密码子和最优密码子均以G/C结尾.茯苓核基因密码子偏性较强,进化...

Full description

Saved in:
Bibliographic Details
Published in中国农业科技导报 Vol. 24; no. 1; pp. 83 - 90
Main Authors 韩利红, 贾欣楠, 陈仁欢, 刘潮
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 曲靖师范学院生物资源与食品工程学院,云南省高校特色果酒技术创新与应用工程研究中心,云南曲靖655011 2022
Subjects
茯苓;密码子使用偏性;最优密码子;选择压力;线粒体
Online AccessGet full text

Cover

More Information
Summary:R931%Q78; 为了解药用真菌茯苓基因组密码子使用模式,探讨影响其密码子组成和编码特性的因素,以茯苓核基因组和线粒体基因组数据为研究对象,利用CodonW、Mega X和EMBOSS等软件对基因密码子使用偏性进行分析,根据中性绘图、奇偶偏性绘图、ENC-plot和对应性分析推测茯苓基因组密码子偏性形成的影响因素.茯苓核基因平均GC含量为57.28％,同义密码子第3位偏好G/C碱基;茯苓核基因密码子偏性主要受选择作用影响,而线粒体基因除了受选择作用影响,还受到较强的碱基突变影响;茯苓核基因部分同义密码子间RSCU值差异较大,高频密码子和最优密码子均以G/C结尾.茯苓核基因密码子偏性较强,进化过程中受到较强的环境和寄主选择作用.与酵母相比,大肠杆菌基因密码子使用模式更接近于茯苓,大肠杆菌可能更适合作为茯苓基因异源表达宿主.上述结果可为茯苓的分子进化及外源基因的转基因研究提供参考.
ISSN:1008-0864
DOI:10.13304/j.nykjdb.2020.0827