马铃薯转录组数据中的病毒序列挖掘

S532; 转录组测序数据中包含寄主所感染的病毒序列信息.为分析和验证马铃薯转录组数据中存在的病毒序列,试验收集了关于马铃薯块茎发育、抗病、抗逆等研究的9个马铃薯转录组测序数据样本,过滤掉来源于马铃薯转录本的读段,组装并与病毒数据库进行本地比对,获得样本中相关病毒序列的种类和数量信息.病毒来源的读段在各样本中普遍存在,占总读段的0.12%～20.24%.这些读段组装得到10种植物病毒,包括9种RNA病毒和1种DNA病毒.其中来源于马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS)的序列最多,组装得到28条近全长序列.进一步系统进化分析表明,这些样品中同时存在PVSA和PVSO两种株系类型.此...

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Published in中国马铃薯 Vol. 38; no. 1; pp. 1 - 9
Main Authors 陈家茹, 杨曼华, 陈汝豪, 孟繁烨, 余涛, 柴婷婷, 许彬燕, 聂碧华
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 果蔬园艺作物种质创新与利用全国重点实验室/农业农村部马铃薯生物学与生物技术重点实验室,华中农业大学,湖北 武汉 430070%湖北省农业技术推广总站,湖北 武汉 430070 2024
Subjects
病毒
RT-PCR
potato
transcriptome
高通量测序
转录组
virus
马铃薯
high-throughput sequencing
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ISSN1672-3635
DOI10.19918/j.cnki.1672-3635.2024.01.001

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Summary:S532; 转录组测序数据中包含寄主所感染的病毒序列信息.为分析和验证马铃薯转录组数据中存在的病毒序列,试验收集了关于马铃薯块茎发育、抗病、抗逆等研究的9个马铃薯转录组测序数据样本,过滤掉来源于马铃薯转录本的读段,组装并与病毒数据库进行本地比对,获得样本中相关病毒序列的种类和数量信息.病毒来源的读段在各样本中普遍存在,占总读段的0.12%～20.24%.这些读段组装得到10种植物病毒,包括9种RNA病毒和1种DNA病毒.其中来源于马铃薯S病毒(Potato virus S,PVS)的序列最多,组装得到28条近全长序列.进一步系统进化分析表明,这些样品中同时存在PVSA和PVSO两种株系类型.此外,通过RT-PCR对转录组数据原始样本中的马铃薯H病毒(Potato virus H,PVH)、马铃薯卷叶病毒(Potato leafroll virus,PLRV)、马铃薯M病毒(Potato virus M,PVM)、PVS、马铃薯X病毒(Potato virus X,PVX)和马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)6种病毒进行检测,结果显示RT-PCR验证结果与测序数据组装结果基本一致.该研究为马铃薯病毒多样性和进化分析提供一种高通量测序的方法.
ISSN:1672-3635
DOI:10.19918/j.cnki.1672-3635.2024.01.001