外周血白细胞PTK7表达水平与冠心病的相关性及其诊断价值

• Published in: 中国动脉硬化杂志 Vol. 31; no. 11; pp. 958 - 968
• Main Authors: 杨英, 张义炜, 陈宁园, 黄玲, 潘尚领
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 广西医科大学基础医学院病理生理学教研室,广西南宁市 530021 2023
• Subjects: 反转录定量PCR; single-cell RNA sequencing; 生物信息学; 蛋白酪氨酸激酶7; reverse transcrip-tion quantitative polymerase chain reaction(RT-qPCR); bioinformatics; protein tyrosine kinase 7; coronary heart disease; 单细胞RNA测序分析; 冠心病
• ISSN: 1007-3949
• DOI: 10.20039/j.cnki.1007-3949.2023.11.005

R5; [目的]探究蛋白酪氨酸激酶7(PTK7)与冠心病(CHD)的相关性及其诊断价值.[方法]通过GEO数据库获得目标基因.采用StataSE15求PTK7的总标准化平均差(total SMD),绘制总受试者特征(SROC)曲线.采用反转录定量PCR(RT-qPCR)验证PTK7在CHD和对照组人群样本中的表达情况,并从GEO数据库搜索CHD相关单细胞RNA测序数据从而分析PTK7在不同细胞中的表达情况.通过CDB数据库预测PTK7的上游转录因子,对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析.[结果]通过分析从GEO数据库获取的数据集,发现PTK7在CHD患者外周血白细胞(PBL)中高表达(total SMD=0.81,95％CI=0.17～1.45).人群样本验证也证实了上述结果.绘制SROC,曲线下面积(AUC)=0.79,表明PTK7具有中等的区分CHD与非CHD的能力.单细胞RNA测序分析结果显示PTK7在正常外周血不同细胞中表达比例较低.此外通过ChIP-seq数据库预测PTK7潜在的上游转录因子,发现IRAK1、SNAI2可能是PTK7的正相关上游转录因子,EP300、NIPBL可能是PTK7的负相关上游转录因子.[结论]PBL中PTK7的高表达与CHD发生呈正相关,具有一定的诊断价值.