西洋参EST资源的SSR信息分析

S567.5+1; 为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb.含SSR的E ST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR.SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp.在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%.出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%).结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,...

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Published in西南农业学报 Vol. 24; no. 1; pp. 275 - 278
Main Authors 杨维泽, 金航, 赵振玲, 杨美权, 张金渝
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 云南省农业科学院药用植物研究所,云南,昆明,650223 2011
Subjects
SSR信息
西洋参
EST
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ISSN1001-4829
DOI10.3969/j.issn.1001-4829.2011.01.061

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Summary:S567.5+1; 为了进一步利用现有的西洋参EST-SSR资源,从NCBI公共数据库中下载了4988条西洋参EST,全长为2616.042 kb.含SSR的E ST序列313条,共349个SSR,平均每相隔7.5 kb出现1个SSR.SSR出现的频率和平均长度分别为7.00%和24.4 bp.在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元出现频率最高,为34.09%;其次为二核苷酸重复基元和单核苷酸重复基元,分别为32.09%和21.78%.出现最多的重复基元为A/T(20.9%),其次是AT/TA(16.9%).结果显示,西洋参的EST数据库中SSR序列出现频率较高,类型较丰富、多态性较高,根据西洋参EST建立其EST-SSR标记是一条简便而又有效的途径.
ISSN:1001-4829
DOI:10.3969/j.issn.1001-4829.2011.01.061