激素性股骨头坏死风险模型构建及潜在的中药治疗预测

R459.9%R318%R681.8; 背景:随着疾病治疗模式的改变,人们已经意识到中医药在激素性股骨头坏死治疗过程中的重要性,因此利用生物信息学从分子水平分析激素性股骨头坏死的发病机制,构建疾病风险模型,并预测具有潜在治疗作用的中药,为后期中医药治疗激素性股骨头坏死提供一定的理论依据.目的:基于生物信息学挖掘激素性股骨头坏死的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,分析其在激素性股骨头坏死中的分子调控机制,预测相关疾病靶点并构建疾病风险模型,同时预测具有潜在治疗作用的中药.方法:检索GEO数据库,下载激素性股骨头坏死的矩阵文件GSE123568和基因注释文件GPL15207.借助R语言等软件...

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Published in中国组织工程研究 Vol. 27; no. 28; pp. 4539 - 4545
Main Authors 章晓云, 高振罡, 陈锋, 曾浩, 刘桦, 苏允裕
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广西中医药大学附属瑞康医院,广西壮族自治区南宁市 530011%广西钦州市第一人民医院,广西壮族自治区钦州市 535000 2023
Subjects
中药预测
生物信息学
长链非编码RNA
竞争性内源RNA
激素性股骨头坏死
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Summary:R459.9%R318%R681.8; 背景:随着疾病治疗模式的改变,人们已经意识到中医药在激素性股骨头坏死治疗过程中的重要性,因此利用生物信息学从分子水平分析激素性股骨头坏死的发病机制,构建疾病风险模型,并预测具有潜在治疗作用的中药,为后期中医药治疗激素性股骨头坏死提供一定的理论依据.目的:基于生物信息学挖掘激素性股骨头坏死的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,分析其在激素性股骨头坏死中的分子调控机制,预测相关疾病靶点并构建疾病风险模型,同时预测具有潜在治疗作用的中药.方法:检索GEO数据库,下载激素性股骨头坏死的矩阵文件GSE123568和基因注释文件GPL15207.借助R语言等软件分析得到差异表达的长链非编码RNA与mRNA,并通过公共数据库预测与差异表达长链非编码RNA关联的miRNA-mRNA,再将预测到的mRNA与差异表达mRNA取交集,整合得到ceRNA网络.随后采用STRING数据库和Cytoscape软件筛选关键基因,利用R语言分析关键基因的功能与相关通路,并挖掘关键ceRNA网络.最后根据关键基因构建激素性股骨头坏死的风险模型,并进行中药预测.结果 与结论:①与健康对照相比,激素性股骨头坏死患者共有7个长链非编码RNA和1763个mRNAs存在差异表达;②筛选出STAT3、KAT2B、AGO4、JAK2、JAK1、PTGS2共6个关键基因;③关键基因所富集的功能包括对肽激素的反应、白细胞介素6介导的信号通路、细胞对白细胞介素6的反应等生物学过程,涉及JAK-STAT、脂肪细胞因子、催乳素等信号通路;④4种miRNAs(miR-135a-5p、miR-137、miR-17-5p、miR-20b-5p)和2种长链非编码RNA(SNHG11、C20orf197)可能在导致激素性股骨头坏死发生发展过程中发挥关键作用;⑤KAT2B最有可能是激素性股骨头坏死发生发展的风险因子;⑥郁金、淫羊藿、黄芪具备治疗激素性股骨头坏死疾病靶点的可能.通过对激素性股骨头坏死相关长链非编码RNA介导的ceRNA网络进行分析,识别出潜在的疾病靶点、信号通路及潜在治疗中药,为进一步阐明其发病机制,并为后续的实验研究提供参考依据.
ISSN:2095-4344