革兰氏阳性类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.)的基因组和蛋白组研究

TQ458; 从西藏墨脱嘎隆拉山海拔3 000m土壤中分离出一株革兰氏阳性类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.),用Illumi-na Hiseq测序平台进行全基因组测序以及通过Prokka1.14.6 软件进行基因组注释.结合antiSMASH 7.0 和BAGEL 4 分析Paenibacillus sp.基因组预测次级代谢产物生物合成基因簇.为了验证代谢产物路径,用不同破碎方法提取菌株全蛋白,通过蛋白质组质谱技术进行分析,结合不同蛋白质组分析软件,共鉴定了3 383 个蛋白质.通过同源比对,提取的蛋白质中可以检测到套索肽生物合成基因簇中依赖ATP半胱氨酸蛋白酶N端区域B1 和A...

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Published in应用化工 Vol. 53; no. 4; pp. 797 - 801
Main Authors 宋丽丽, 杨小琴, 张雪, 张更新, 计慕侃, 张蕾
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国科学院青藏研究所青藏高原地球系统与资源环境重点实验室,北京 100101%兰州大学 生态学院,甘肃 兰州 730000%兰州大学 泛第三极环境中心,甘肃 兰州 730000%北京工业大学科学技术发展院,北京 100101 2024
Subjects
genome
secondary metabolites
基因簇
Paenibacillus
次级代谢产物
蛋白质组
基因组
gene cluster
类芽孢杆菌
proteome
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Summary:TQ458; 从西藏墨脱嘎隆拉山海拔3 000m土壤中分离出一株革兰氏阳性类芽孢杆菌(Paenibacillus sp.),用Illumi-na Hiseq测序平台进行全基因组测序以及通过Prokka1.14.6 软件进行基因组注释.结合antiSMASH 7.0 和BAGEL 4 分析Paenibacillus sp.基因组预测次级代谢产物生物合成基因簇.为了验证代谢产物路径,用不同破碎方法提取菌株全蛋白,通过蛋白质组质谱技术进行分析,结合不同蛋白质组分析软件,共鉴定了3 383 个蛋白质.通过同源比对,提取的蛋白质中可以检测到套索肽生物合成基因簇中依赖ATP半胱氨酸蛋白酶N端区域B1 和ABC转运器.同时,用BAGEL4 软件blastp功能从NCBI数据库中获取Paenibacillus sp.基因组中潜在完整的套索肽生物合成基因簇.
ISSN:1671-3206
DOI:10.3969/j.issn.1671-3206.2024.04.010