结核分枝杆菌Rv1385的抗原表位预测分析

• Published in: 生物信息学 Vol. 17; no. 3; pp. 161 - 166
• Main Authors: 黄劲, 王洁, 高霄, 雷依丽, 杨光红, 冯永红, 秦莲花
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 贵州医科大学 环境污染与疾病监控教育部重点实验室,贵阳550025 2019; 贵州医科大学 基础医学院,贵阳550025%同济大学 医学院附属上海市肺科医院 上海市结核病重点实验室,上海,200433%贵州医科大学 基础医学院,贵阳,550025%贵州医科大学 公共卫生学院,贵阳,550025
• Subjects: Rv1385; 生物信息学; 抗原性; 结核分枝杆菌
• ISSN: 1672-5565
• DOI: 10.12113/j.issn.1672-5565.201812003

R378.91+1; 结核分枝杆菌生长缓慢,难以获得足量的天然蛋白抗原.而利用基因工程技术制备重组蛋白抗原,存在着表达量低、不易纯化,以及特异性较低等不利因素.随着生物信息技术的发展,研究者可根据生物信息学软件预测,选择合成优势抗原肽段,而不需克隆整个蛋白,具有简便、经济、特异性高等特点.因此,本研究应用生物信息学方法,预测结核分枝杆菌Rv1385蛋白的抗原表位并分析其优势表位,对了解Rv1385蛋白的免疫学特性及其与结核分枝杆菌致病的关系具有重要意义.首先,从NCBI数据库下载Rv1385的氨基酸序列,然后采用生物信息学软件PSIPRED Server预测蛋白质二级结构;BepiPred 1.0 Server和ABCpred预测该蛋白的B细胞抗原表位;BIMAS、SYFPEITHI及NetCTLpan 1.1 Server预测该蛋白的CTL表位;SYF-PEITHI和NetMHCIIpan 3.2 Server预测该蛋白的Th细胞表位.最后综合分析预测结核分枝杆菌Rv1385的优势候选抗原表位.结果显示,Rv1385蛋白二级结构中,α螺旋占51.8％,β折叠占41.6％,无规卷曲占6.6％;共有4个B细胞抗原位点,位于109～124、152～169、178～192、198～209氨基酸区段;3个CTL表位,位于263～271、87～95、240～248氨基酸区段;5个Th表位,位于77～91、87～101、234～247、70～84、46～60氨基酸区段.生物信息学分析显示Rv1385含有潜在的B细胞和T细胞抗原表位,为该蛋白抗原表位的进一步研究及应用奠定了基础.