长江刀鲚FABP7基因遗传多态性及其与生长性状的相关分析

S937.3; 长江刀鲚(Coilia ectenes)是我国重要的经济鱼类,目前其自然种质资源急剧衰退,探究其脂肪酸结合蛋白7(C.ectenes fatty acid-binding proteins 7,CeFABP7)基因连锁SNP位点与其生长性状的相关性,对于其生长性状的遗传改良及新品种的培育具有重要作用.本研究基于长江刀鲚的转录组数据,利用基因克隆技术获取CeFABP7基因的cDNA全长序列和基因组DNA序列,对其核心选育F3代群体的20个具有极端生长表型个体的CeFABP7基因全长序列直接测序,筛选获得该基因上的SNP位点后,再利用直接测序法或SnaPshot法对同批次随机选取的...

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Published in农业生物技术学报 Vol. 31; no. 9; pp. 1899 - 1913
Main Authors 于爱清, 施永海, 严银龙
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 上海市水产研究所上海市水产技术推广站,上海 200433 2023
Subjects
Growth trait
生长性状
Correlation analysis
单核苷酸多态性
关联分析
Coilia ectenes
Fatty acid-binding proteins 7(FABP7)
Single nucleotide polymorphism
长江刀鲚
脂肪酸结合蛋白7(FABP7)基因
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Summary:S937.3; 长江刀鲚(Coilia ectenes)是我国重要的经济鱼类,目前其自然种质资源急剧衰退,探究其脂肪酸结合蛋白7(C.ectenes fatty acid-binding proteins 7,CeFABP7)基因连锁SNP位点与其生长性状的相关性,对于其生长性状的遗传改良及新品种的培育具有重要作用.本研究基于长江刀鲚的转录组数据,利用基因克隆技术获取CeFABP7基因的cDNA全长序列和基因组DNA序列,对其核心选育F3代群体的20个具有极端生长表型个体的CeFABP7基因全长序列直接测序,筛选获得该基因上的SNP位点后,再利用直接测序法或SnaPshot法对同批次随机选取的100尾长江刀鲚进行基因分型,最后通过最小二乘法分析基因多态性与长江刀鲚生长性状的相关性.结果显示,该基因cDNA全长1295 bp,ORF由399个核苷酸组成,编码132个氨基酸;基因组DNA全长1899 bp,包括4个外显子和3个内含子;共检测到5个SNP突变位点和1个TGT插入/缺失突变(I/D),分布于5′-非编码区、第1内含子和第3内含子;位点g.276C＞G与长江刀鲚的体长、体高和体质量性状均显著相关(P＜0.05),位点g.306A＞C、g.747C＞T和g.825C＞T与长江刀鲚的体质量和体高性状显著相关(P＜0.05),位点g.1447A＞T和g.1532I＞D由于部分基因型个体数量较少,显示与生长性状的相关性不显著;6个位点对长江刀鲚养殖群体遗传分析显示,长江刀鲚养殖群体的平均观测杂合度(observed heterozygosity,Ho)、平均期望杂合度(expected heterozygosity,He)和平均多态信息含量(polymorphic information of content,PIC)分别为0.257、0.339和0.275.长江刀鲚FABP7基因上的位点g.276C＞G有望成为剔除劣质长江刀鲚繁育亲本的重要候选分子标记,本研究对长江刀鲚的分子标记辅助育种具有理论指导意义.
ISSN:1674-7968
DOI:10.3969/j.issn.1674-7968.2023.09.011