全州禾花鲤鳞片下层组织的结构及全长转录组分析

S917.4; 为研究全州禾花鲤(Cyprinus carpio var.Quanzhounensis)皮肤组织结构和转录组差异、丰富鲤鱼皮肤转录组信息,选用建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和全州禾花鲤鳞片下层组织,利用透射电镜观察结构差异,发现禾花鲤与建鲤相比组织缺乏层叠排列的鸟嘌呤结晶且黑色素颗粒增多;利用牛津纳米孔(ONT)测序技术分析了转录组特征,获得高质量数据18.49 Gb,识别为全长序列17 182 183条,检测出可变剪接(AS)事件3 075个、可变多聚腺苷酸化(APA)57 624个,预测新基因编码区序列15615个、长链非编码RNA(lncRNA)...

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Published in渔业科学进展 Vol. 45; no. 1; pp. 70 - 84
Main Authors 杜雪松, 文露婷, 许艺兰, 覃俊奇, 黄姻, 林勇, 周康奇, 潘贤辉, 邓潜, 陈忠
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广西壮族自治区水产科学研究院 广西水产遗传育种与健康养殖重点实验室 广西 南宁 530021%广西壮族自治区兽医研究所 广西兽医生物技术重点实验室 广西 南宁 530001 2024
Subjects
全长转录组
性状
Character
全州禾花鲤
Cyprinus carpio var.Quanzhouensis
皮肤
Skin
Full-length transcriptome
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ISSN2095-9869
DOI10.19663/j.issn2095-9869.20220712001

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Summary:S917.4; 为研究全州禾花鲤(Cyprinus carpio var.Quanzhounensis)皮肤组织结构和转录组差异、丰富鲤鱼皮肤转录组信息,选用建鲤(Cyprinus carpio var.Jian)和全州禾花鲤鳞片下层组织,利用透射电镜观察结构差异,发现禾花鲤与建鲤相比组织缺乏层叠排列的鸟嘌呤结晶且黑色素颗粒增多;利用牛津纳米孔(ONT)测序技术分析了转录组特征,获得高质量数据18.49 Gb,识别为全长序列17 182 183条,检测出可变剪接(AS)事件3 075个、可变多聚腺苷酸化(APA)57 624个,预测新基因编码区序列15615个、长链非编码RNA(lncRNA)771个.其中,可变剪接事件中外显子跳跃、内含子保留数量在种间差异极显著(P＜0.01),具有5个多聚腺苷酸化位点的转录本数量在种间差异极显著(P＜0.01),表明可变剪接和多聚腺苷酸化参与性状形成相关的调控过程;共筛选出差异表达转录本841个,KEGG通路分析表明其在细胞外基质-受体相互作用、粘着斑等通路富集,GO分析发现其在细胞外隙、转录因子复合体、整合素复合物等词条显著富集,且最显著富集的KEGG通路和GO词条均与细胞外基质紧密关联,推测这些转录调控的变化可能导致皮肤细胞外基质的组成、密度和构象变化.后续研究应更多关注鸟嘌呤结晶缺失造成的皮肤性状变化,有助于全州禾花鲤种质资源开发与利用.
ISSN:2095-9869
DOI:10.19663/j.issn2095-9869.20220712001