基于高通量测序的都匀地区福鼎大白种茶树根茎叶分析

Q945; 为探究茶树中茶多酚等产物代谢途径的相关基因,该研究以贵州都匀地区福鼎大白种茶树的根茎叶为对象,利用高通量测序技术构建茶的转录组数据库并筛选其根茎叶差异表达基因.结果 表明:共获得70.88 Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.33 Gb,Q30碱基百分比在93.22％以上.将Clean Reads与中国种茶树参考基因组进行序列比对,比对效率从87.83％到91.14％.基于比对结果,进行可变剪接预测分析和基因结构优化分析,发掘新基因13531个,其中10244个得到功能注释.利用FPKM进行基因表达量分析,根据基因在不同样品中表达量识别差异表达基因.叶与...

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Published in广西植物 Vol. 40; no. 9; pp. 1269 - 1280
Main Authors 王芬, 裴会敏, 文狄, 陈志, 刘荣, 姚玉仙, 马媛
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 黔南民族师范学院 生物科学与农学院, 贵州 都匀 558000 2020
Subjects
根茎叶
都匀地区
高通量测序
差异基因
福鼎大白种
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ISSN1000-3142
DOI10.11931/guihaia.gxzw201907038

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Summary:Q945; 为探究茶树中茶多酚等产物代谢途径的相关基因,该研究以贵州都匀地区福鼎大白种茶树的根茎叶为对象,利用高通量测序技术构建茶的转录组数据库并筛选其根茎叶差异表达基因.结果 表明:共获得70.88 Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到6.33 Gb,Q30碱基百分比在93.22％以上.将Clean Reads与中国种茶树参考基因组进行序列比对,比对效率从87.83％到91.14％.基于比对结果,进行可变剪接预测分析和基因结构优化分析,发掘新基因13531个,其中10244个得到功能注释.利用FPKM进行基因表达量分析,根据基因在不同样品中表达量识别差异表达基因.叶与茎的差异基因有5595个,其中2769个在茎中上调,2826个下调,叶与根有9650个差异基因,5056个上调,4594个下调,茎与根中有5644个差异基因,2938个上调,2706个下调,并通过GO和KEGG分析,将差异基因进行功能注释和富集分析.上述结果为揭示都匀地区福鼎大白种茶参与类黄酮、茶氨酸和咖啡碱等代谢途径相关的基因提供了参考,为选育优良品种等提供了理论依据.
ISSN:1000-3142
DOI:10.11931/guihaia.gxzw201907038