独行菜LaAP2基因克隆、生物信息学分析及表达分析

• Published in: 广西植物 Vol. 38; no. 6; pp. 762 - 770
• Main Authors: 李艳红, 曾卫军, 李金玉, 葛风伟, 朱艳蕾, 赵惠新
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 新疆特殊环境物种保护与调控生物学实验室,干旱区植物逆境生物学实验室,新疆师范大学 生命科学学院,乌鲁木齐 830054 2018
• Subjects: molecular biology; AP2/ERF transcription factor; LaAP2 gene cloning; LaAP2基因克隆; expression analysis; low temperature tolerance; 表达分析; 序列分析; 分子生物学; AP2/ERF转录因子; 低温耐受; Lepidium apetalum; sequence analysis; 独行菜
• ISSN: 1000-3142
• DOI: 10.11931/guihaia.gxzw201710028

Q943.2; AP2/ERF是广泛存在于植物中一类重要的转录因子,调控一些参与非生物胁迫相关基因的表达,帮助植物提高逆境胁迫能力.为了深入探讨LaAP2在独行菜耐受低温萌发及幼苗耐受低温生长中的功能,该研究基于前期对独行菜(Lepidium apetalum)转录组数据库分析,克隆获得一个显著上调表达的AP2/ERF家族序列LaAP2.该基因cDNA全长为1 005 bp,编码氨基酸序列包含一个AP2和一个B3结构域,属于AP2/ERF转录因子RAV亚家族.推定的LaAP2蛋白分子量为37.744 67 kD ,等电点为9.49.该蛋白氨基酸序列同亚麻荠、拟南芥、油菜等物种显示出较高同源性,系统进化分析结果表明与拟南芥亲缘关系较近.氨基酸序列分析预测表明,LaAP2基因所编码的蛋白不具备信号肽区段,无跨膜区,不属于分泌蛋白,可能为亲水性蛋白;定位于细胞质的可能性为56.5%,定位于细胞核的可能性为21.7%;其主要二级结构元件为无规则卷曲、延伸链、α-螺旋.Real-time PCR分析独行菜幼苗中 LaAP2 在低温4 ℃处理下的表达,显示LaAP2表达受低温胁迫呈先下降后升高趋势.这表明LaAP2在独行菜幼苗抵抗低温胁迫中起调控作用.