2012-2022年广西HIV-1独特重组型毒株近似全长基因序列特征分析

R512.91%R181.3; 目的:研究广西HIV-1独特重组型毒株(URFs)的基因重组特点,为广西HIV-1疫情防控提供科学依据.方法:对1例pol区基因序列初步判断为URF的HIV-1感染者的血液样本进行RNA提取、巢式PCR扩增全长基因并测序,从PubMed等数据库检索2012-2022年发表的有关广西URFs近似全长基因组的文章及对应的序列,构建系统进化树,并进行重组模式、断点分析和耐药突变位点分析.结果:测序获得1例长度约8.9kb的URF,该URF是以CRF08_BC为骨架插入CRF01_AE片段构成的二代重组毒株.将该URF与数据库中检索到的12例广西URFs共同分析,发现广...

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Published in广西医科大学学报 Vol. 40; no. 2; pp. 199 - 205
Main Authors 李媛婷, 陈荣凤, 严文霞, 廖艳研, 叶力, 蒋俊俊, 梁丽娟, 黄耀锋, 秦英梅, 黎彦君, 梁浩
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 广西医科大学公共卫生学院 广西艾滋病防治研究重点实验室,南宁 530021%广西医科大学生命科学研究院,南宁 530021%广西医科大学公共卫生学院 广西艾滋病防治研究重点实验室,南宁 530021 2023
广西医科大学生命科学研究院,南宁 530021%南宁市第四人民医院,南宁 530023
Subjects
人类免疫缺陷病毒
独特重组型毒株
重组特征
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Summary:R512.91%R181.3; 目的:研究广西HIV-1独特重组型毒株(URFs)的基因重组特点,为广西HIV-1疫情防控提供科学依据.方法:对1例pol区基因序列初步判断为URF的HIV-1感染者的血液样本进行RNA提取、巢式PCR扩增全长基因并测序,从PubMed等数据库检索2012-2022年发表的有关广西URFs近似全长基因组的文章及对应的序列,构建系统进化树,并进行重组模式、断点分析和耐药突变位点分析.结果:测序获得1例长度约8.9kb的URF,该URF是以CRF08_BC为骨架插入CRF01_AE片段构成的二代重组毒株.将该URF与数据库中检索到的12例广西URFs共同分析,发现广西URFs主要来源于性传播途径感染者和静脉吸毒感染者.所有URFs均包含CRF01 AE片段,以01 AE/07 BC重组比例最高(69.2％,9/13),1例URF含有主要耐药位点.结论:广西已鉴定的URFs数量较少,以01 AE/07_BC重组为主,应加强对URFs的监测和鉴定,以全面了解广西HIV-1重组毒株的特点.
ISSN:1005-930X
DOI:10.16190/j.cnki.45-1211/r.2023.02.004