雌雄罗氏沼虾脑和胸神经节的转录组比较分析

• Published in: 南方农业学报 Vol. 54; no. 3; pp. 657 - 668
• Main Authors: 张雨阳, 赵莉, 桂朗, 王余德, 孙盛明, 李名友, 刘东
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 农业农村部稻渔综合种养生态重点实验室(上海海洋大学),上海 201306%湖南师范大学生命科学学院/省部共建淡水鱼类发育生物学国家重点实验室,湖南长沙 410081%水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室(上海海洋大学),上海 201306%农业农村部稻渔综合种养生态重点实验室(上海海洋大学),上海 201306 2023; 海洋动物系统分类与进化上海高校重点实验室(上海海洋大学),上海 201306
• Subjects: 脑; 差异表达基因(DEGs); differentially expressed genes(DEGs); transcriptome; thoracic ganglion; Macrobrachium rosenbergii; 罗氏沼虾; 性别二态性; brain; 转录组; 胸神经节; sexual dimorphism
• ISSN: 2095-1191
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2023.03.002

S917; [目的]基于转录组测序技术筛选出罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)雌雄样本脑和胸神经组织中的差异表达基因(DEGs),为揭示其生长发育的性别二态性及开展分子辅助育种提供理论依据.[方法]通过TRIzol提取罗氏沼虾雌雄样本脑和胸神经节组织总RNA,构建cDNA测序文库后通过 Illumina HiSeq 2000平台进行转录组测序,经过滤、质量控制及拼接组装获得Unigenes,使用DESeq筛选出DEGs,并进行GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析.[结果]转录组数据经de novo拼接成84627条Unigenes.以P<0.05和|log2 Fold Change|>1为判断标准,发现雌雄罗氏沼虾脑组织间存在5287个DEGs,雄性组织中显著上调DEGs有2416个、显著下调DEGs有2871个;胸神经节组织间存在6211个差异表达基因,雄性组织中显著上调DEGs有3280个、显著下调DEGs有2931个.雌雄罗氏沼虾脑和胸神经节组织DEGs在GO数据库中注释到生物学过程、细胞组分和分子功能三大功能条目,分别涉及56和57个亚类,包含顶体外膜、生殖结构发育、组织形态发生、细胞过程、代谢过程、细胞组分及结合等;KEGG信号通路富集分析结果表明,DEGs主要参与RNA运输、剪接体、内质网蛋白加工、转录、翻译、折叠和降解等过程.筛选得到的TU-BA1B、COX、TRY、MHC、MLC、HSP90和IAGBP等10个DEGs与罗氏沼虾肌肉生长及性腺发育相关,对雌雄罗氏沼虾生长发育差异调控起重要作用.[结论]雌雄罗氏沼虾脑和胸神经节组织中的TUBA1B、COX、TRY、MHC、MLC、HSP90、TRA2、PCNA、MT-ND4和IAGBP等DEGs,富集在RNA转运、内质网蛋白加工及MAPK信号通路等,参与肌肉生长和性腺发育调控,有助于罗氏沼虾生长发育性别二态性的形成.