球茎甘蓝SSR分子标记开发及指纹图谱构建

• Published in: 南方农业学报 Vol. 54; no. 1; pp. 22 - 33
• Main Authors: 李晓娟, 赵文菊, 赵孟良, 郭怡婷, 马一栋, 马雪杰, 任延靖
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 农业农村部青藏高原种质资源保护与遗传改良重点实验室,青海西宁 810016 2023; 青海大学,青海西宁 810016; 青海大学/三江源生态和高原农牧业国家重点实验室,青海西宁 810016; 青海大学农林科学院/青藏高原种质资源研究与利用实验室,青海西宁 810016%青海大学,青海西宁 810016; 青海大学农林科学院/青藏高原种质资源研究与利用实验室,青海西宁 810016; 青海大学/三江源生态和高原农牧业国家重点实验室,青海西宁 810016%玉树藏族自治州农牧业综合服务中心,青海玉树 815000%青海大学,青海西宁 810016
• Subjects: 球茎甘蓝; 转录组; SSR分子标记; 聚类分析; 指纹图谱
• ISSN: 2095-1191
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2023.01.003

S635.203.6; [目的]开发球茎甘蓝SSR分子标记,并构建球茎甘蓝的指纹图谱,以期从分子水平了解球茎甘蓝品种间的遗传多样性及亲缘关系,为球茎甘蓝育种材料选择提供参考.[方法]基于转录组数据,利用生物信息学方法开发球茎甘蓝的SSR标记并分析其分布特征,PCR检测SSR引物的有效性和多态性,筛选出多态性引物,用于分析18份球茎甘蓝材料的亲缘关系并构建指纹图谱.[结果]通过球茎甘蓝转录组测序共获得196642条Unigenes,其中85468条含有SSR位点,SSR出现频率43.46％;单一型SSR位点以单核苷酸(44.74％)为主要类型,其次为二核苷酸(26.37％)和三核苷酸(27.35％)类型.SSR位点有112种重复基序,其中单核苷酸重复基序以A/T为主(占44.16％),二核苷酸重复基序以AG/CT为主(占18.11％).PCR筛选获得29对引物能扩增出86条多态性条带,平均每对引物扩增出3.28条.根据扩增出的多态性条带对18份球茎甘蓝材料进行聚类分析,结果显示在遗传距离为0.61处将其分为五大类,同时还构建了18份球茎甘蓝DNA指纹图谱数据库,建立了相应的识别二维码.[结论]开发获得29个球茎甘蓝SSR分子标记,基于这些分子标记构建的球茎甘蓝指纹图谱可用于种质资源的多样性分析、品种选育及开发利用.