不同桑树品种响应干旱胁迫的比较转录组学分析

• Published in: 南方农业学报 Vol. 53; no. 3; pp. 684 - 692
• Main Authors: 曾睿, 任迎虹, 祁伟亮, 黄仁维, 李恋龙, 李鑫鑫, 王飞, 赵比黑
• Format: Journal Article
• Language: Chinese
• Published: 成都师范学院化学与生命科学学院,四川成都 611130 2022
• Subjects: 差异表达基因; 抗旱性; 干旱胁迫; 桑树; 转录组
• ISSN: 2095-1191
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-1191.2022.03.010

S888.2; [目的]发掘响应干旱胁迫的关键抗旱基因,从转录水平上揭示桑树的抗旱分子机制,为后续开展桑树分子抗旱性育种工作提供科学依据.[方法]以干旱敏感性品种德果1号和耐旱性品种湖桑32号为研究对象,通过盆栽种植方式开展干旱胁迫及复水处理试验,采集24个桑叶样本提取总RNA后构建cDNA文库,在Illumina HiSeqTM 4000测序平台上进行高通量测序,并结合生物信息学对相关基因进行注释分析.[结果]经转录组测序,各样本的Clean reads范围为45723096～67280168条,有效碱基数(Clean bases)集中在6.86～10.09 Gb,GC含量在44.84％～46.48％(平均为45.61％),Q30在90.36％～93.07％.差异表达基因(DEGs)筛选结果显示,6个差异分组(A2 vs A1,B2 vs B1,A3 vs A1,B3 vs B1,A4 vs A1,B4 vs B1)分别筛选出3510、3399、5677、5507、5124和2734个差异表达基因;经干旱胁迫处理后,桑叶功能组基因中呈下调表达的差异表达基因明显多于呈上调表达的差异表达基因,说明桑树在生长过程中存在不同的功能基因以控制桑叶生长发育.不同抗旱性桑叶转录组测序数据中以涉及生物学过程的差异表达基因最多,且主要集中在小分子代谢过程(Small molecule metabolic process)、跨膜运输(Transmembrane transport)及碳水化合物代谢过程(Carbohydrate metabolic process)等方面;与分子功能相关的差异表达基因次之,主要涉及转移酶活性(Transferase activity)和水解酶(Hydrolase activity)等.干旱胁迫下不同抗旱性桑叶差异表达基因主要富集到59条KEGG信号通路上,可划分为代谢、遗传信息处理、环境信息处理、细胞过程和生物系统五大信号通路;其中,抗旱性桑树品种通过提高能量代谢、碳水化合物代谢、增强光合作用及脂质代谢来更好地适应干旱胁迫.综合GO功能注释分析和KEGG信号通路富集分析,得到以下可能与干旱相关的基因:LOC21410404、LOC21404884、LOC21409623、LOC21401352、LOC21398977、LOC21388561、LOC21401447、LOC21398764、LOC21