福尔马林固定石蜡包埋组织样本的蛋白质组制备技术研究

基于不同的脱蜡液(Triton X-100和二甲苯)、裂解液(TFE和RapiGest)以及酶切方案(iST、SP3和FASP),通过正交实验设计了12种福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本的蛋白质组前处理技术方案,探索了FFPE蛋白质组样本制备的最佳实验条件.从蛋白质和肽段的鉴定深度、鉴定稳定性和蛋白丰度的定量水平等方面进行了系统性评估,研究结果显示,Triton X-100脱蜡液和二甲苯对蛋白质组的鉴定影响较小,而TFE裂解液和iST酶切方案均能显著提升FFPE组织样本的蛋白质组分析水平.鉴于二甲苯具有的潜在毒性,最终确定以Triton X-100脱蜡液、TFE裂解液和iST酶切方案为...

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Published in分析化学 Vol. 53; no. 1; pp. 84 - 中插8
Main Authors 陆澳, 孟波, 赵佳威, 廖焕玥, 叶子弘, 方向, 赵洋
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 中国计量大学生命科学学院,杭州 310018 2025
中国计量科学研究院前沿计量科学中心,国家市场监管技术创新中心(质谱),北京 100029%中国计量科学研究院前沿计量科学中心,国家市场监管技术创新中心(质谱),北京 100029%中国计量大学生命科学学院,杭州 310018
Subjects
Sample preparation
福尔马林固定石蜡包埋样本
Proteomics
质谱
蛋白质组
Formalin-fixed paraffin-embedded sample
样本制备
Mass spectrometry
Liquid chromatography-tandem mass spectroscopy
液相色谱-串联质谱联用
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Summary:基于不同的脱蜡液(Triton X-100和二甲苯)、裂解液(TFE和RapiGest)以及酶切方案(iST、SP3和FASP),通过正交实验设计了12种福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)组织样本的蛋白质组前处理技术方案,探索了FFPE蛋白质组样本制备的最佳实验条件.从蛋白质和肽段的鉴定深度、鉴定稳定性和蛋白丰度的定量水平等方面进行了系统性评估,研究结果显示,Triton X-100脱蜡液和二甲苯对蛋白质组的鉴定影响较小,而TFE裂解液和iST酶切方案均能显著提升FFPE组织样本的蛋白质组分析水平.鉴于二甲苯具有的潜在毒性,最终确定以Triton X-100脱蜡液、TFE裂解液和iST酶切方案为基础的TTI 技术方案为最优选择.此方案显示了最佳的重复性和稳定性,同时能够鉴定更多与重要生物学功能相关的特异性蛋白质.本研究建立的TTI技术方案为FFPE组织样本的蛋白质组分析提供了一种高效且全面的方法,显著提升了样本的蛋白质组鉴定的重复性和稳定性.
ISSN:0253-3820
DOI:10.19756/j.issn.0253-3820.241053