非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序技术建库方法的优化

目的 优化非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序(Native ChIP-seq)技术,简化操作步骤,得到高质量ChIP-seq数据.方法 裂解细胞,MNase切割DNA释放核小体,用组蛋白修饰的特异性抗体将组蛋白与DNA的复合物进行免疫共沉淀,蛋白酶K消化后进行DNA纯化,染色质免疫共沉淀(ChIP)产物用n5转座酶建库与传统建库两种方法进行文库构建并测序.结果 与传统建库方法相比,Tn5转座酶建库经过Tn5片段化后直接进行目的DNA的扩增,操作简单,更加省时,效率更高;IGV可视化信号分布峰图显示两种建库方式获得的富集峰基本相同;两种建库方法获得的测序数据中,Tn5转座酶建库比传统建库获得更多...

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Published in南方医科大学学报 Vol. 39; no. 6; pp. 692 - 698
Main Authors 彭昂惠, 李昭强, 张燕, 冯德龙, 郝冰涛
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 南方医科大学基础医学院肿瘤研究所,广东广州,510515 2019
Subjects
组蛋白修饰
Tn5转座酶建库
二代测序技术
传统建库
染色质免疫共沉淀技术
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Summary:目的 优化非交联染色质免疫共沉淀及其二代测序(Native ChIP-seq)技术,简化操作步骤,得到高质量ChIP-seq数据.方法 裂解细胞,MNase切割DNA释放核小体,用组蛋白修饰的特异性抗体将组蛋白与DNA的复合物进行免疫共沉淀,蛋白酶K消化后进行DNA纯化,染色质免疫共沉淀(ChIP)产物用n5转座酶建库与传统建库两种方法进行文库构建并测序.结果 与传统建库方法相比,Tn5转座酶建库经过Tn5片段化后直接进行目的DNA的扩增,操作简单,更加省时,效率更高;IGV可视化信号分布峰图显示两种建库方式获得的富集峰基本相同;两种建库方法获得的测序数据中,Tn5转座酶建库比传统建库获得更多的富集峰;Tn5转座酶建库后结果显示重复性良好,信噪比达到50％以上.结论 Tn5转座酶建库能提高建库效率并得到更好的数据质量,适用于组蛋白修饰的检测,为表观遗传研究提供更好的技术选择.
ISSN:1673-4254
DOI:10.12122/j.issn.1673-4254.2019.06.10