VARIACIÓN GENÉTICA DE LA POBLACIÓN CHILENA Y SU IMPACTO EN EL DIAGNÓSTICO DE MUTACIONES SOMÁTICAS EN ONCOLOGÍA DE PRECISIÓN

• Published in: BAG. Journal of basic and applied genetics Vol. 32; p. 151
• Main Authors: Feliú, E González, Blanco, A, Martin, LM, Munoz, T, San Martin, E, Lay-Son, G, Rebolledo-Jaramillo, B, Poli, C, Repetto, G, Marcelain, K, Armisén, R
• Format: Journal Article
• Language: English; Spanish
• Published: Buenos Aires Sociedad Argentina de Genetica 01.10.2021
• ISSN: 1666-0390; 1852-6233

La identificación de mutaciones somáticas accionables en muestras tumorales es de gran importancia en el tratamiento y pronóstico de los pacientes con cáncer. Actualmente, existen estrategias in silico que permiten filtrar variantes germinales en muestras tumorales, utilizando population variants databases. Sin embargo, la baja representatividad de algunas poblaciones dificulta esta tarea en Latinoamérica. En este estudio, informamos el desarrollo de la primera versión de una base de datos agregada de la variación genómica de la población chilena a nivel de exomas y su impacto en el filtrado in silico de variantes germinales en una cohorte de 206 muestras tumorales. Se secuenciaron 87 exomas (ES) de individuos sanos de nacionalidad chilena no emparentados. Se realizó un descubrimiento de variantes (SNV e Indels) utilizando HaplotypeCaller de GATK. Por otro lado, 206 muestras FFPE de pacientes chilenos con cáncer (59 de vesícula, 57 de mama, 40 de colon y 50 gástrico) fueron secuenciadas con el panel Oncomine Comprehensive Assay (OCA; 161 genes) para la identificación de variantes somáticas. En 87 muestras ES se descubrieron 350.554 variantes, de las cuales, el 13% son exclusivas de esta cohorte. Se encontraron 1.398 variantes en las regiones blanco de OCA, 171 de ellas (12%) no tienen anotación en dbSNP v150. En el set tumoral, se descartaron 398 variantes somáticas de 2.380 por encontrarse en el set de datos ES germinal de chilenos. Este estudio es un aporte al conocimiento de la variación genómica en chilenos, y al descubrimiento de nuevas variantes somáticas que pudieran tener un rol en cáncer.