DETECCIÓN DE REGIONES GENÓMICAS QUE CONTROLAN LA REGULARIDAD EXTERNA DE LOS FRUTOS DE TOMATE POR ANÁLISIS DE QTL-SEQ

• Published in: BAG. Journal of basic and applied genetics Vol. 31; p. 102
• Main Authors: Vazquez, D V, Cambiaso, V, Da Costa, J H Pereira, Rodríguez, G R
• Format: Journal Article
• Language: Spanish
• Published: Buenos Aires Sociedad Argentina de Genetica 01.09.2020
• Subjects: Quantitative trait loci; Single-nucleotide polymorphism
• ISSN: 1666-0390; 1852-6233

La apariencia externa y la uniformidad del fruto es un carácter de alto valor comercial en el tomate (Solanum lycopersicum). Se utilizó la metodología QTL-seq, en una población F2 derivada del cruzamiento entre los cultivares "Yellow Stuffer" (YS) y "Heinz 1439" (H) para identificar loci de caracteres cuantitativos (QTL) asociados al grado de regularidad del fruto (GR). En 122 plantas de la F2 YSxH se cosecharon y analizaron caracteres de forma de frutos (n=1.004). Se seleccionaron las 28 plantas con los valores más extremos de GR. Se extrajo el ADN de las plantas y se mezcló equimolarmente formando los dos grupos segregantes. El ADN de cada grupo se secuenció, y las lecturas cortas se alinearon al genoma de referencia de tomate. Se detectó el polimorfismo en cada grupo y éstos se compararon entre sí. Hubo 234.153 SNP o polimorfismos de punto único entre los grupos. Mediante análisis bioinformáticos se identificó una región asociada a GR en cromosoma 8, entre las posiciones 8,5 y 54,8 Mb que contenía cinco QTL putativos y 386 SNP polimórficos con un p-valor>0,05. A través del desarrollo y caracterización molecular de la población F2 completa, se construyó un mapa de ligamiento de 79,56 cM. Por análisis de intervalos simples se confirmó un QTL asociado al carácter GR en la región Centroamérica entre las posiciones 1,7 y 53,5 Mb, con un valor máximo de R2=0,17 y pF<0,001 a los 22 cM. En conclusión, en el cromosoma 8 de tomate existen genes que codifican para la producción de frutos más regulares externamente, una característica buscada por los consumidores.