Carie ABBLE - Carie commune : étude de la variabilité des populations en France et développement d’un test de résistance variétale pour l’inscription des variétés de blé tendre en Agriculture Biologique

• Published in: Innovations Agronomiques Vol. 84; pp. 73 - 84
• Main Authors: Cadot, Valerie, Orgeur, Geoffrey, Baldwin, Thomas, Gombert, Julie, Fontaine, Laurence, Du Cheyron, Philippe P., Bruyère, Julien, Oste, Sandrine, Champion, Jean, Maigniel, Jean Philippe, Maillard, Aurélie, Grimault, Valérie V.
• Format: Journal Article
• Language: French
• Published: INRAE 01.04.2021
• Subjects: Environmental Sciences; Life Sciences; Tilletia; Test de résistance; Resistance test; Virulence; Agriculture Biologique (AB); Organic farming; Carie commune; Common bunt
• ISSN: 1958-5853; 1958-5853
• DOI: 10.15454/wv3v-cp73

Common bunt is a re-emerging seed-borne disease affecting particularly organic cereal farming. Tilletia caries was identified as the predominant species in 26 isolates collected from 15 French departments with 100% occurrence, compared with T. foetida, at 15.4%. Twenty strains of T. caries were selected to identify their virulences, from their behaviour on differential host range, revealing a predominant virulence on Bt-7 resistance gene, with a frequency of 48%, followed by Bt-2 (24%) and Bt-15 (19%). An early varietal resistance test by qPCR at the 2-3 leaf stage, quantifying Tilletia sp. DNA, was developed. This early test (7-8 weeks) was found to be well correlated with the adult field test (8 months), based on visual notation of the bunted ear rate (RPearson= 0.89). A resistance test using the predominant virulences will be taken into account for the registration in the French Catalogue of soft wheat varieties for organic farming. It will allow the selection of resistant varieties which can replace chemical seed treatments or be combined with alternative treatments. La carie commune est une maladie ré-émergente, transmissible par la semence, affectant particulièrement la filière céréales en Agriculture Biologique (AB). L’objectif du projet Carie ABBLE était de disposer d’un test de résistance à la carie commune rapide, fiable vis-à-vis des virulences prédominantes en France. A partir d’une collecte de 26 isolats dans 15 départements, Tilletia caries a été identifiée comme l’espèce prédominante (100%) par rapport à T. foetida (15.4%). L’inoculation de 20 souches sur la gamme d’hôtes différentiels a montré 3 virulences majeures : sur le gène de résistance Bt7 (48%), Bt2 (24%) et Bt15 (19%). Un test de résistance précoce à la carie a été développé par qPCR, au stade 2-3 feuilles, en quantifiant l’ADN de Tilletia sp. Ce test précoce (7-8 semaines) s’est révélé fortement corrélé (R Pearson=0.89), avec le test de résistance au champ basé sur le taux d’épis cariés (8 mois). Un test de résistance utilisant les virulences prédominantes pourra être disponible pour l’inscription des variétés de blé tendre déposées en AB au Catalogue français, ainsi qu’en offre de service à la filière. La sélection de variétés résistantes en combinaison avec d’autres leviers agronomiques permettra de remplacer les traitements de semences chimiques.