Polymorphism of microsatellite locus CAMS-336 in pepper varieties and closely related species

• Published in: Сельскохозяйственная биология no. 5
• Main Authors: Snigir', E.A, Pyshnaya, O.N., All-Russia Research and Development Inst. of Vegetable Crop Selection and Seed Growing, Moscow Region (Russian Federation), Kochieva, E.Z., Lomonosov Moscow State Univ. (Russian Federation), Ryzhova, N.N., Russian Academy of Sciences,Moscow (Russian Federation). Bioengeneering Centre
• Format: Journal Article
• Language: Russian
• Published: 2011
• Subjects: ADN; CAPSICUM ANNUUM; DESCENDANCE; DISTANCE GENETIQUE; DISTANCIA GENETICA; DNA; ESPECE; ESPECIES; FEDERACION DE RUSIA; FEDERATION DE RUSSIE; GENE; GENES; GENETIC DISTANCE; GENETIC MARKERS; HIBRIDOS; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_1288; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_16019; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_2347; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_24030; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_27530; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_3214; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_33240; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_36574; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_3707; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_7280; http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_8157; HYBRIDE; HYBRIDS; MARCADORES GENETICOS; MARQUEUR GENETIQUE; MICROSATELITES; MICROSATELLITE; MICROSATELLITES; PROGENIE; PROGENY; RUSSIAN FEDERATION; SPECIES; VARIEDADES; VARIETE; VARIETIES
• ISSN: 0131-6397

The polymorphism of microsatellite locus CAMS-336 was investigated in 45 pepper varieties of native and foreign selection, and also in variants of closely related cultivated species of the Capsicum frutescens, C. chinense, C. baccatum. The authors revealed 6 alleles of this locus, distinguished in length, and determined the frequency of its occurrence. The unique alleles for some varieties and species were isolated and the PIC quantities for complete set of variants were calculated. The allelic variability was confirmed by sequencing, which permitted to determine the accurate nucleotide sequence and the size of revealed alleles of microsatellite locus CAMS-336. In addition, the sequencing of this locus permits to determine the mechanism of appearance of new В and D alleles, notably point substitution of T for A. The obtained data suggests the possibility of the use of microsatellite locus CAMS-336 for issue passports to the native varieties of C. annuum L. Полиморфизм микросателлитного локуса CAMS-336 исследовали у 45 сортов, гибридов и линий перца Capsicum annuum L. отечественной и зарубежной селекции, а также у образцов близкородственных культурных видов С. frutescens, С. chinense, С. baccatum. Было обнаружено 6 аллельных вариантов локуса, различающихся по длине, определены частоты встречаемости аллелей. Выявлены уникальные аллели для ряда сортов и видов, вычислены величины PIC (polymorphism information content) для полного набора образцов. Аллельная вариабельность подтверждена прямым секвенированием, что позволило установить точный нуклеотидный состав и размеры обнаруженных аллельных вариантов микросателлитного локуса CAMS-336. Кроме того, секвенирование этого локуса дало возможность определить механизм возникновения новых аллельных вариантов В и D, что связано с точечной заменой Т на А. Полученные данные свидетельствуют о возможности применения микросателлитного локуса CAMS-336 для паспортизации отечественных сортов C. annuum L.