Genome sequence of Xanthomonas fuscans subsp fuscans strain 4834-R reveals that flagellar motility is not a general feature of xanthomonads

• Published in: http://www.biomedcentral.com/bmcgenomics
• Main Authors: Darrasse , Armelle (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Carrere , Sebastien (INRA , Auzeville (France). UMR 0441 Laboratoire des Interactions Plantes Micro organismes), Barbe , Valerie (Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives, Evry(France). Centre National du Séquençage), Boureau , Tristan (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Arrieta-Ortiz , Mario L. (University of the Andes, Bogota(Colombie). Laboratory of Mycology and Plant Pathology), Bonneau , Sophie (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Briand , Martial (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Brin , Chrystelle (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Cociancich , Stephane (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Montpellier(France). UMR BGPI, Biologie et Génétique des Intéractions Plantes-Parasites), Durand , Karine (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Fouteau , Stephanie (Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives, Evry(France). Center National de Séquençage), Gagnevin , Lionel (Université de La Réunion, Saint-Pierre(France). UMR PVBMT, Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical), Guerin , Fabien (Université de La Réunion, Saint-Pierre(France). UMR PVBMT, Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical), Guy , Endrick (INRA , Auzeville (France). UMR 0441 Laboratoire des Interactions Plantes Micro organismes), Indiana , Arnaud (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Koebnik , Ralf (Institut de Recherche pour le Développement, Montpellier(France). UMR RPB, Résistance des Plantes aux Bioagresseurs), Lauber , Emmanuelle (INRA , Auzeville (France). UMR 0441 Laboratoire des Interactions Plantes Micro organismes), Munoz , Alejandra (University of the Andes, Bogota(Colombie). Laboratory of Mycology and Plant Pathology), Noël , Laurent (INRA , Auzeville (France). UMR 0441 Laboratoire des Interactions Plantes Micro organismes), Pieretti , Isabelle (Centre de Coopération International en Recherche Agronomique pour le Développement, Montpellier(France). UMR BGPI, Biologie et Génétique des Intéractions Plantes-Parasites), Poussier , Stéphane (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Pruvost , Olivier (Université de La Réunion, Saint-Pierre(France). UMR PVBMT, Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical), Robene-Soustrade , Isabelle (Université de La Réunion, Saint-Pierre(France). UMR PVBMT, Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical), Rott , Philippe (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Montpellier(France). UMR BGPI, Biologie et Génétique des Intéractions Plantes-Parasites), Royer , Monique (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Montpellier(France). UMR BGPI, Biologie et Génétique des Intéractions Plantes-Parasites), Serres-giardi , Laurana (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Szurek , Boris (Institut de Recherche pour le Développement, Montpellier(France). UMR RPB, Résistance des Plantes aux Bioagresseurs), van Sluys , Marie-Anne (University of Sao Paulo, Sao Paulo(Brésil). Institute of Bioscience, Department of Botany, Laboratory GaTE (Genomics and Transposable Elements)), Verdier , Valerie (Institut de Recherche pour le Développement, Montpellier(France). UMR RPB, Résistance des Plantes aux Bioagresseurs), Verniere , Christian (Université de La Réunion, Saint-Pierre(France). UMR PVBMT, Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical), Arlat , Matthieu (INRA , Auzeville (France). UMR 0441 Laboratoire des Interactions Plantes Micro organismes), Manceau , Charles (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences), Jacques , Marie Agnes (INRA , BEAUCOUZE (France). UMR 1345 Institut de Recherche en Horticulture et Semences)
• Format: Publication
• Language: English
• Published: 2013
• Subjects: Bean; Chemotaxis; chimiotaxie; effecteur; Effector; Insertion sequence; pathogène des semences; Pseudogene; pseudogène; Secretion system; Seed-borne pathogen; séquence d'insertion; xanthomonas fuscans

Background: Xanthomonads are plant-associated bacteria responsible for diseases on economically important crops. Xanthomonas fuscans subsp. fuscans (Xff) is one of the causal agents of common bacterial blight of bean. In this study, the complete genome sequence of strain Xff 4834-R was determined and compared to other Xanthomonas genome sequences.[br/] Results: Comparative genomics analyses revealed core characteristics shared between Xff 4834-R and other xanthomonads including chemotaxis elements, two-component systems, TonB-dependent transporters, secretion systems (from T1SS to T6SS) and multiple effectors. For instance a repertoire of 29 Type 3 Effectors (T3Es) with two Transcription Activator-Like Effectors was predicted. Mobile elements were associated with major modifications in the genome structure and gene content in comparison to other Xanthomonas genomes. Notably, a deletion of 33 kbp affects flagellum biosynthesis in Xff 4834-R. The presence of a complete flagellar cluster was assessed in a collection of more than 300 strains representing different species and pathovars of Xanthomonas. Five percent of the tested strains presented a deletion in the flagellar cluster and were non-motile. Moreover, half of the Xff strains isolated from the same epidemic than 4834-R was non-motile and this ratio was conserved in the strains colonizing the next bean seed generations.[br/] Conclusions: This work describes the first genome of a Xanthomonas strain pathogenic on bean and reports the existence of non-motile xanthomonads belonging to different species and pathovars. Isolation of such Xff variants from a natural epidemic may suggest that flagellar motility is not a key function for in planta fitness.