Construction and sequence analysis of a full-length cDNA library for sesame

本研究采用Gateway建库技术构建了中国芝麻主栽品种豫芝11号的植株生长发育过程中不同组织的全长cDNA文库（SiFcDNA）。该全长cDNA文库容为5．6×10. ，文库滴度为1.12×10. cfu／mL。部分克隆检测显示，文库cDNA片段长度集中于1.0～3.0kbï...

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Published inMolecular plant breeding Vol. 11; no. 5
Main Authors Wei Libin, Henan Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou (China), Sesame Research Center, Miao Hongmei, Henan Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou (China), Sesame Research Center, Zhang Tide, Henan Academy of Agricultural Sciences, Zhengzhou (China), Sesame Research Center
Format Journal Article
LanguageChinese
Published 01.10.2013
Subjects
ADN
DNA
GENE
GENES
http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_2347
http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_3214
http://www.fao.org/aos/agrovoc#c_5993
PLANTE
PLANTS
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Summary:本研究采用Gateway建库技术构建了中国芝麻主栽品种豫芝11号的植株生长发育过程中不同组织的全长cDNA文库（SiFcDNA）。该全长cDNA文库容为5．6×10. ，文库滴度为1.12×10. cfu／mL。部分克隆检测显示，文库cDNA片段长度集中于1.0～3.0kb，重组率为96.88％，全长cDNA比例为88％。随机挑取1152个单克隆进行5′端EST测序，共获高质量有效EST序列1088条，拼接得到单一基因序列867条，其中46条单一基因在NCBI数据库中没有查到相应的同源序列，可能为芝麻生长发育过程特有的新基因；所获单一基因序列被划分为26个GO功能亚类。此外，从获得的Unigene序列中挖掘出了173个SSR，分布频率为4.78kb／SSR；AG／CT类型SSR出现次数最多，占总SSR的19.08％。高质量全长SiFcDNA文库的构建为深入开展芝麻功能基因组学研究奠定基础。 A sesame full-length cDNA library (SiFcDNA) was constructed based on plant growth and development wit
Bibliography:F30
2014002857
ISSN:1672-416X