SIGNAL-TO-NOISE-RATIO METRIC FOR DETERMINING NUCLEOTIDE-BASE CALLS AND BASE-CALL QUALITY

• Main Authors: OJARD, Eric Jon, UDPA, Nitin, VIECELI, John S, KAGALWALLA, Abde Ali, MEHIO, Rami
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 05.01.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CALCULATING; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; COMPUTING; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; COUNTING; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

This disclosure describes methods, non-transitory computer readable media, and systems that can generate signal-to-noise-ratio metrics for clusters of oligonucleotides to which tagged nucleotide bases are added and utilize the signal-to-noise-ratio metrics to generate nucleotide-base calls and determine base-call quality. For example, the disclosed systems can generate the signal-to-noise-ratio metrics using scaling factors and noise levels associated with light signals detected from the clusters of oligonucleotides. The disclosed systems can utilize the signal-to-noise-ratio metrics to generate intensity-value boundaries for generating nucleotide-base-calls for the signals in accordance with one or more base-call-distribution models. Additionally, the disclosed systems can utilize a threshold to filter out signals detected from the clusters of oligonucleotides that have low signal-to-noise-ratio metrics. The disclosed systems can further utilize the signal-to-noise-ratio metrics to generate quality metrics for generated nucleotide-base calls La présente invention concerne des procédés, des supports lisibles par ordinateur non transitoires, et des systèmes qui peuvent générer des métriques de rapport signal-sur-bruit pour des groupes d'oligonucléotides auxquels des bases nucléotidiques marquées sont ajoutées et utiliser les métriques de rapport signal-sur-bruit pour générer des identifications de bases nucléotidiques et déterminer une qualité d'identification de bases. Par exemple, les systèmes décrits peuvent générer les métriques de rapport signal-sur-bruit à l'aide de facteurs de mise à l'échelle et de niveaux de bruit associés à des signaux lumineux détectés à partir des groupes d'oligonucléotides. Les systèmes décrits peuvent utiliser les métriques de rapport signal-sur-bruit pour générer des limites de valeur d'intensité pour générer des identifications de bases nucléotidiques pour les signaux conformément à un ou plusieurs modèles de distribution d'identification de bases. De plus, les systèmes décrits peuvent utiliser un seuil pour filtrer des signaux détectés à partir des groupes d'oligonucléotides qui présentent des métriques de rapport signal-sur-bruit faibles. Les systèmes décrits peuvent en outre utiliser les métriques de rapport signal-sur-bruit pour générer des métriques de qualité pour des identifications de bases nucléotidiques générées.