METAGENOMICS FOR MICROORGANISM IDENTIFICATION

• Main Authors: SUPHAVILAI, Chayaporn, KO, Kwan Ki, NAGARAJAN, Niranjan, CHNG, Kern Rei, LIM, Kar Mun
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 09.11.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; TESTING; VINEGAR; WINE

Clinical decision support systems and methods for microorganism identification in a sample by determining long-read nucleic acid fragment sequence data (LRS data) originating from a plurality of species in the sample; performing taxonomic classification of the LRS data; determining an abundance levels of a plurality of reference genomes based on taxonomic identifiers of the LRS data; aligning the LRS data with a subset of the reference genomes; performing coverage analysis to determine an identity of one or more microorganism present in the sample based on the coverage analysis. L'invention concerne des systèmes d'aide à la décision clinique et des procédés permettant l'identification de micro-organismes dans un échantillon par détermination de données de séquence de fragments d'acide nucléique à longue lecture (données LRS) provenant d'une pluralité d'espèces dans l'échantillon ; réalisation d'une classification taxonomique des données LRS ; détermination d'un niveau d'abondance d'une pluralité de génomes de référence sur la base d'identifiants taxonomiques des données LRS ; alignement des données LRS avec un sous-ensemble des génomes de référence ; réalisation d'une analyse de couverture pour déterminer une identité d'un ou plusieurs micro-organismes présents dans l'échantillon sur la base de l'analyse de couverture.