SYSTEMS AND METHODS FOR GLYCOMOLECULE IDENTIFICATION, SEARCH AND COMPARING AND ANALYZING THE RESULTS THEREOF

• Main Authors: LIN, Chi-Hung, GANDHI, Monil Dilip, SHIPMAN, III, WALTON, Kelly F, CHEN, Shao-Yung
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 28.09.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; FERMENTATION OR ENZYME-USING PROCESSES TO SYNTHESISE A DESIREDCHEMICAL COMPOUND OR COMPOSITION OR TO SEPARATE OPTICAL ISOMERSFROM A RACEMIC MIXTURE; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

Set forth herein is a system and method for converting glycan representations between different platform-specific glycan formats via a universal glycan format. The use of a universal glycan format for conversion between different platform-specific glycan formats, such as different glycomolecule search engine-specific formats, can reduce the number of conversion rule sets required to convert glycan data formats among the different platform-specific glycan formats. The universal glycan format can also improve readability, and simplify analysis of glycomolecules. Also provided is a system and method for comparing or analyzing glycomolecule search results from different glycomolecule search engines and a user interface, system and method for curating a consensus list of glycomolecules (e.g., glycopeptides, glycoDNA, glycoRNA, glycolipids) identified in a biological sample on a user interface from glycomolecule search results sets from multiple glycomolecule search engines, where the glycomolecule search results sets may include conflicting identifications between the glycomolecule search engines. La présente invention concerne un système et une méthode de conversion de représentations de glycane entre différents formats de glycane spécifiques à une plateforme par l'intermédiaire d'un format de glycane universel. L'utilisation d'un format de glycane universel pour une conversion entre différents formats de glycane spécifiques à une plateforme, tels que différents formats spécifiques de moteur de recherche de glycomolécule, peut réduire le nombre d'ensembles de règles de conversion requis pour convertir des formats de données de glycane parmi les différents formats de glycane spécifiques à une plateforme. Le format de glycane universel peut également améliorer la lisibilité et simplifier l'analyse des glycomolécules. L'invention concerne également un système et une méthode pour comparer ou analyser des résultats de recherche de glycomolécule provenant de différents moteurs de recherche de glycomolécule et une interface utilisateur, un système et une méthode pour traiter une liste de consensus de glycomolécules (par exemple, des glycopeptides, un glycoADN, un glycoARN, des glycolipides) identifiés dans un échantillon biologique sur une interface utilisateur à partir d'ensembles de résultats de recherche de glycomolécule à partir de multiples moteurs de recherche de glycomolécule, les ensembles de résultats de recherche de glycomolécule pouvant comprendre des identifications conflictuelles entre les moteurs de recherche de glycomolécule.