METHOD OF EXTRACTING INFORMATION ABOUT PROTEIN SEQUENCE MODIFICATIONS

• Main Authors: FICHTL, Juergen, BUETTNER, Marc Alexander, VOSIKA, Eva
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 29.06.2023
• Subjects: INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; PHYSICS; TESTING

Methods of extracting information about protein sequence modifications in a protein are disclosed. Protein data derived from mass spectrometry measurements performed on peptides from at least two enzymatic digests is received. Candidate sequence modifications are identified. A subset of the candidate sequence modifications that have a higher average probability of representing true sequence modifications than the rest of the candidate sequence modifications are determined. The determination of the subset of candidate sequence modifications comprises a step of selecting candidate sequence modifications dependent on the candidate sequence modifications being at amino acid sequence positions that are covered by at least two different peptide species that each contain the modification. Des procédés d'extraction d'informations concernant des modifications de séquence de protéines dans une protéine sont divulgués. Des données de protéines dérivées de mesures de spectrométrie de masse effectuées sur des peptides à partir d'au moins deux condensés enzymatiques sont reçues. Des modifications de séquence candidates sont identifiées. Un sous-ensemble des modifications de séquence candidates qui ont une probabilité moyenne plus élevée de représenter des modifications de séquence vraies que le reste des modifications de séquence candidates est déterminé. La détermination du sous-ensemble de modifications de séquence candidates comprend une étape de sélection de modifications de séquence candidates dépendant des modifications de séquence candidates qui sont au niveau de positions de séquence d'acides aminés qui sont couvertes par au moins deux espèces peptidiques différentes qui contiennent chacune la modification.