SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING GENETIC PHENOTYPES USING PROGRAMMABLE NUCLEASES

• Main Authors: SERVELLITA, Venice, BROUGHTON, James Paul, CHIU, Charles Y, NAGESH, Fnu Vaishnavi, CHEN, Janice Sha, MCKAY, Bridget Ann Paine, CHING, Jesus, FASCHING, Clare Louise
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 01.06.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

Systems and methods for determining a mutation call for a target locus in a sample are provided. A signal dataset is obtained comprising, for each well in a plurality of wells, reporting signals for nucleic acids in the sample that map to the locus, over a plurality of time points. Each well contains an aliquot of nucleic acid derived from the sample. A first set of wells includes guide nucleic acids having a first allele for the locus. A second set of wells includes guide nucleic acids having a second allele for the locus. For each well, signal yields are determined using the reporting signals, and candidate call identities are determined for the first set of wells based on a comparison of signal yields in the first and second set of wells. A voting procedure is performed across the candidate call identities, thus obtaining a mutation call for the locus. L'invention concerne des systèmes et des procédés pour déterminer un appel de mutation pour un locus cible dans un échantillon. Un ensemble de données de signaux est obtenu, lequel ensemble comprend, pour chaque puits parmi une pluralité de puits, des signaux de rapport pour des acides nucléiques dans l'échantillon qui correspondent au locus, sur une pluralité de points temporels. Chaque puits contient une aliquote d'acide nucléique dérivé de l'échantillon. Un premier ensemble de puits comprend des acides nucléiques de guidage ayant un premier allèle pour le locus. Un second ensemble de puits comprend des acides nucléiques de guidage ayant un second allèle pour le locus. Pour chaque puits, des rendements de signaux sont déterminés à l'aide des signaux de rapport, et des identités d'appels candidates sont déterminées pour le premier ensemble de puits sur la base d'une comparaison des rendements de signaux dans les premier et second ensembles de puits. Une procédure de vote est effectuée parmi les identités d'appels candidates, ce qui permet d'obtenir un appel de mutation pour le locus.