IMMUNE REPERTOIRE BIOMARKERS FOR PREDICTION OF TREATMENT RESPONSE IN AUTOIMMUNE DISEASE

• Main Authors: LOWMAN, Geoffrey, SARDA, Shrutii
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 01.06.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; TESTING; VINEGAR; WINE

Prediction of a clinical response to a therapy of a subject with an autoimmune disease based on B cell immune repertoire may include determining a plurality of clone frequencies in a biological sample from the subject, wherein the clone frequencies include: IgM, IgD, IgG3, IgG4, IgA, IgM with first somatic hypermutation (SHM) level, IgG1 with second SHM level. A plurality of decision criteria may be applied to features including the plurality of clone frequencies. Each decision criterion applies at least one threshold to a feature, wherein the plurality of decision criteria provides a plurality of output values. The plurality of output values may be summed and a sigmoid transformation may be applied to the summed value to form a prediction value. The prediction value may be compared to a final threshold to identify the subject as a likely responder or non-responder to an autoimmune disease therapy. La prédiction d'une réponse clinique à une thérapie d'un sujet atteint d'une maladie auto-immune basée sur le répertoire immunitaire des lymphocytes B peut comprendre la détermination d'une pluralité de fréquences de clones dans un échantillon biologique provenant du sujet, les fréquences de clones comprenant : IgM, IgD, IgG3, IgG4, IgA, IgM avec un premier niveau d'hypermutation somatique (SHM), IgG1 avec un second niveau de SHM. Une pluralité de critères de décision peut être appliquée à des caractéristiques comprenant la pluralité de fréquences de clones. Chaque critère de décision applique au moins un seuil à une caractéristique, la pluralité de critères de décision fournissant une pluralité de valeurs de sortie. La pluralité de valeurs de sortie peut être additionnée et une transformation sigmoïde peut être appliquée à la valeur additionnée pour former une valeur de prédiction. La valeur de prédiction peut être comparée à un seuil final pour identifier le sujet en tant que sensible ou non sensible probable à une thérapie de maladie auto-immune.