MULTIPLEXED PROFILING OF RNA AND DNA MODIFICATIONS

• Main Authors: HWANG-FU, Yu-Hsien, PURSE, Byron, SANTOS, Jerome, STENGEL, Gudrun
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 15.06.2023
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

Provided herein are compositions and methods for the multiplexed profiling of RNA and DNA modifications across transcriptomes and genomes, respectively. The methods combine molecular recognition of non-canonical features (e.g., base modifications, backbone modifications, lesions, and/or structural elements) of a target nucleic acid with a step of writing the information from this recognition event into the neighboring genetic sequence of the target nucleic acid using a barcode. The resultant barcoded nucleic acids are then converted into sequencing libraries and read by DNA/RNA sequencing methods. This step reveals the sequence of the barcode, which is correlated with the non-canonical feature in the target nucleic acid(s). The high throughput profiling methods described herein allow for localization of one or more modifications in a target nucleic acid. The methods also allow for identification of the nature and location of several or all DNA/RNA modifications in parallel. La présente invention concerne des compositions et des procédés pour le profilage multiplexé de modifications d'ARN et d'ADN au niveau de protéomes et de génomes, respectivement. Les procédés combinent la reconnaissance moléculaire de caractéristiques non canoniques (par exemple, des modifications de base, des modifications de squelette, des lésions et/ou des éléments structuraux) d'un acide nucléique cible avec une étape d'écriture des informations de cet événement de reconnaissance dans la séquence génétique voisine de l'acide nucléique cible à l'aide d'un code à barres. Les acides nucléiques à code à barres résultants sont ensuite convertis en banques de séquençage et lus par des procédés de séquençage d'ADN/ARN. Cette étape révèle la séquence du code à barres, corrélée à la caractéristique non canonique dans le ou les acides nucléiques cibles. Les procédés de profilage à haut rendement décrits dans la présente invention permettent la localisation d'une ou plusieurs modifications dans un acide nucléique cible. Les procédés permettent également l'identification de la nature et de l'emplacement de plusieurs modifications d'ADN/ARN en parallèle.