METHOD, APPARATUS, AND COMPUTER-READABLE MEDIUM FOR OPTIMAL POOLING OF NUCLEIC ACID SAMPLES FOR NEXT GENERATION SEQUENCING

• Main Authors: ITURRA, Diego, MANRIQUEZ, Andres, ABELIUK, Eduardo, NEILSON, Juan
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 07.10.2021
• Subjects: BASIC ELECTRONIC CIRCUITRY; CODE CONVERSION IN GENERAL; CODING; DECODING; ELECTRICITY

A method, apparatus, and computer-readable medium for optimal pooling of nucleic acid samples for next generation sequencing, including receiving sample records corresponding to samples, each sample record comprising a sample identifier and a nucleic acid reference sequence of the sample, determining unique nucleic acid reference sequences in the sample records, computing, a nucleic acid overlaps between the unique nucleic acid reference sequences, and determining an optimal grouping of the plurality of samples into a plurality of sample pools based at least in part on the nucleic acid reference sequence of each sample record, the nucleic acid overlaps between the unique nucleic acid reference sequences, and one or more constraints, the one or more constraints including a maximum overlap constraint. L'invention concerne un procédé, un appareil, et un support lisible par ordinateur pour une mise en commun optimale d'échantillons d'acide nucléique pour le séquençage de nouvelle génération, comprenant la réception d'enregistrements d'échantillons correspondant à des échantillons, chaque enregistrement d'échantillon comprenant un identifiant d'échantillon et une séquence de référence d'acide nucléique de l'échantillon, la détermination de séquences de références d'acide nucléique uniques dans les enregistrements d'échantillons, le calcul, un acide nucléique chevauchant entre les séquences de référence d'acide nucléique uniques, et la détermination d'un regroupement optimal de la pluralité d'échantillons en une pluralité de groupes d'échantillons sur la base, au moins en partie, de la séquence de référence d'acide nucléique de chaque enregistrement d'échantillon, l'acide nucléique chevauchant entre les séquences de référence d'acide nucléique uniques, et une ou plusieurs contraintes, la ou les contraintes comprenant une contrainte de chevauchement maximale.