COMPOSITIONS AND METHODS FOR ASSESSING MICROBIAL POPULATIONS

• Main Authors: MERRILL, David, HYLAND, Fiona, EWING, Aren, AU-YOUNG, Janice, MCGEACHY, Anna, SHIN, Heesun, LEE, Wing, GOTTIMUKKALA, Rajesh, DREWS, Birgit, SARDA, Shrutii
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 15.04.2021
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

The present disclosure provides compositions and methods, as well as combinations, kits, and systems that include the compositions and methods, for amplification, detection, characterization, assessment, profiling and/or measurement of nucleic acids in samples, particularly biological samples. Compositions and methods provided herein include combinations of microbial species target-specific nucleic acid primers for selective amplification and/or combinations of primers for amplification of nucleic acids from a large group of taxonomically related microorganisms. In one aspect, amplified nucleic acids obtained using the compositions and methods can be used in various processes including nucleic acid sequencing and used to detect the presence of microbial species and assess microbial populations in a variety of samples. In accordance with the teachings and principles, new methods, systems and non-transitory machine-readable storage medium are provided to compress reference sequence databases used in mapping sequence reads for analysis and profiling of microbial populations. La présente invention concerne des compositions et des procédés, ainsi que des combinaisons, des kits et des systèmes comprenant les compositions et les procédés, pour l'amplification, la détection, la caractérisation, l'évaluation, le profilage et/ou la mesure d'acides nucléiques dans des échantillons, en particulier des échantillons biologiques. Les compositions et les procédés de l'invention comprennent des combinaisons d'amorces d'acide nucléique spécifiques à une cible d'espèce microbienne pour une amplification sélective et/ou des combinaisons d'amorces pour l'amplification d'acides nucléiques provenant d'un grand groupe de micro-organismes liés à une taxonomie. Selon un aspect, des acides nucléiques amplifiés obtenus à l'aide des compositions et des procédés peuvent être utilisés dans divers procédés comprenant le séquençage d'acides nucléiques et utilisés pour détecter la présence d'espèces microbiennes et évaluer des populations microbiennes dans une variété d'échantillons. Conformément aux enseignements et aux principes, de nouveaux procédés, systèmes et support de stockage lisible par machine non transitoire sont prévus pour compresser des bases de données de séquence de référence utilisées dans des lectures de séquence de mappage pour l'analyse et le profilage de populations microbiennes.