NEW ADENO-ASSOCIATED VIRUS (AAV) VARIANTS AND USES THEREOF FOR GENE THERAPY

• Main Authors: ZUCMAN-ROSSI, Jessica, IMBEAUD, Sandrine, LA BELLA, Tiziana, RONZITTI, Giuseppe, VIDAL, Patrice, NAULT, Jean-Charles
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 29.10.2020
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS THEREOF; CULTURE MEDIA; ENZYMOLOGY; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MICROORGANISMS OR ENZYMES; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

Adeno-associated virus (AAV) is a defective mono-stranded DNA virus, endemic in human population (35-80%). Recurrent clonal AAV2 insertions are associated with the pathogenesis of rare human hepatocellular carcinoma (HCC) developed on normal liver. The aimed of the inventors was to characterize the natural history of AAV infection in the liver. Viral DNA was thus quantified in tumor and non-tumor liver tissues of 1461 patients. Presence of episomal form and viral mRNA expression were analyzed using a DNAse/TaqMan based assay and quantitative RT-PCR. In silico analyses using viral capture data explored viral variants and new clonal insertions. AAV DNA was detected in 21% of the patients equally distributed in 2 major viral subtypes: one similar to AAV2, the other hybrid between AAV2 and AAV13 sequences. Thus the inventors provided an integrated analysis of the wild type AAV infection in the liver with the identification of viral genotypes, molecular forms, helper virus relationship and viral integrations. These findings are important to understand wild type AAV biology and particularly relevant considering the large usage of AAV vector in liver-targeted gene therapy. Thus, the present invention relates to new adeno-associated virus (AAV) variants and uses thereof for gene therapy. Le virus adéno-associé (AAV) est un virus à ADN mono-caténaire défectueux, endémique dans la population humaine (35 à 80 %). Des insertions d'AAV2 clonales récurrentes sont associées à la pathogenèse du carcinome hépatocellulaire humain (HCC) rare développé sur le foie normal. Les inventeurs ont pour but de caractériser l'historique naturel d'une infection par AAV dans le foie. L'ADN viral a été ainsi quantifié dans des tissus hépatiques tumoraux et non tumoraux de 1 461 patients. La présence d'une forme épisomale et d'une expression d'ARNm viral ont été analysées à l'aide d'un dosage à base de DNAse/TaqMan et d'une RT-PCR quantitative. Des analyses in silico utilisant des données de capture virales ont exploré des variants viraux et de nouvelles insertions clonales. L'ADN de l'AAV a été détecté chez 21 % des patients équitablement réparti en 2 principaux sous-types viraux : l'un similaire à AAV2, l'autre hybride entre les séquences AAV2 et AAV13. Ainsi, les inventeurs ont fourni une analyse intégrée de l'infection par AAV de type sauvage dans le foie avec l'identification de génotypes viraux, de formes moléculaires, d'une relation avec un virus auxiliaire et d'intégrations virales. Ces découvertes sont importantes pour comprendre la biologie de l'AAV de type sauvage en particulier compte tenu de l'utilisation abondante du vecteur AAV en thérapie génique ciblée sur le foie. Ainsi, la présente invention concerne de nouveaux variants du virus adéno-associés (AAV) et leurs utilisations en thérapie génique.