METHODS, APPARATUS, AND COMPUTER-READABLE MEDIA FOR GLYCOPEPTIDE IDENTIFICATION

• Main Authors: NGUYEN-KHUONG, Terry, RUDD, Pauline Mary, CHOO, Sern Farh Matthew
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 06.09.2019
• Subjects: INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; PHYSICS; TESTING

A method identifies glycopeptides in a sample. The method includes converting a mass spectrum of MS1 precursors of the sample into a plurality of nodes in a graph, each node corresponding to one mass and one retention time of a glycopeptide to be identified in the sample; calculating differences in the mass and/or retention time between all combinations of pairs of the nodes; generating a graph theoretic network of the nodes; and predicting compositions of the glycopeptides in the sample based on the graph theoretic network of the nodes so as to identify the glycopeptides. L'invention porte sur un procédé qui identifie des glycopeptides dans un échantillon. Le procédé comprend la conversion d'un spectre de masse de précurseurs MS1 de l'échantillon en une pluralité de noeuds sur un graphe, chaque noeud correspondant à une masse et un temps de rétention d'un glycopeptide à identifier dans l'échantillon ; le calcul des différences dans la masse et/ou le temps de rétention entre toutes les combinaisons de paires des noeuds ; la génération d'un réseau théorique de graphes des noeuds ; et la prédiction des compositions des glycopeptides dans l'échantillon sur la base du réseau théorique de graphes des noeuds de façon à identifier les glycopeptides.