A METHOD OF DIAGNOSING CANCER BASED ON LIPIDOMIC ANALYSIS OF A BODY FLUID

• Main Authors: HOLCAPEK, Michal, LISA, Miroslav, JIRASKO, Robert, HRNCIAROVA, Tereza, WOLRAB, Denise, CIFKOVA, Eva
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 25.07.2019
• Subjects: INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; PHYSICS; TESTING

The present invention provides a method of diagnosing cancer based on lipidomic analysis of a body fluid taken from the body of a patient, characterized in that it comprises the steps of: - spiking of the sample with a set of internal standards comprising at least one internal standard for each lipid class present in the sample, - subsequently processing the sample by liquid-liquid lipidomic extraction or by solid phase lipidomic extraction, - measurement of the processed sample by a mass spectrometry method, - determining concentrations for at least 51, more preferably for all lipids present at a level above detection threshold of the mass spectrometry method, using the internal standards for the corresponding lipid classes for the quantitation, or using relative concentrations of lipids, or using ratios of concentrations and/or signal intensities, - statistical evaluation of the determined concentrations of the lipids, said statistical evaluation determining the level of probability of the patient suffering from cancer, or optionally from a specific type of cancer, based on the determined lipid concentrations compared to a cancerous pattern, or optionally a specific cancerous pattern, and a non-cancerous pattern, wherein the cancerous pattern or the specific cancerous pattern and the non-cancerous pattern are determined by statistical analysis of the lipid concentrations for a group of known cancer samples and non-cancer samples. La présente invention concerne une méthode de diagnostic du cancer basée sur l'analyse lipidomique d'un liquide corporel prélevé à partir du corps d'un patient, caractérisée en ce qu'elle comprend les étapes consistant à : - doper l'échantillon avec un ensemble de normes internes comprenant au moins une norme interne pour chaque classe de lipides présente dans l'échantillon, - par la suite, traiter l'échantillon par extraction lipidomique liquide-liquide ou par extraction lipidomique en phase solide, - effectuer une mesure de l'échantillon traité par un procédé de spectrométrie de masse, - déterminer des concentrations pour au moins 51, de manière davantage préférée pour tous les lipides présents à un taux supérieur au seuil de détection du procédé de spectrométrie de masse, à l'aide des normes internes pour les classes de lipides correspondantes pour la quantification, ou à l'aide de concentrations relatives de lipides, ou à l'aide de rapports de concentrations et/ou d'intensités de signal, - effectuer une évaluation statistique des concentrations déterminées des lipides, ladite évaluation statistique déterminant le taux de probabilité du patient atteint d'un cancer, ou, de manière facultative, d'un type spécifique de cancer, sur la base des concentrations de lipides déterminées par comparaison avec un motif cancéreux, ou, de manière facultative, un motif cancéreux spécifique, et un motif non cancéreux, le motif cancéreux ou le motif cancéreux spécifique et le motif non cancéreux étant déterminés par analyse statistique des concentrations de lipides pour un groupe d'échantillons cancéreux et d'échantillons non cancéreux connus.