METHOD, SYSTEM AND COMPUTER PROGRAM FOR COMPUTER-ASSISTED EVALUATION OF BIOMARKERS IN A TISSUE SAMPLE

• Main Authors: HIEMANN, Rico, ELIMPORT, Alexey, VON NEUBECK, Cläre
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 28.03.2019
• Subjects: CALCULATING; COMPUTING; COUNTING; IMAGE DATA PROCESSING OR GENERATION, IN GENERAL; PHYSICS

Disclosed are a method for computer-assisted evaluation of biomarkers in a tissue sample as well as a corresponding system and computer program. The method comprising the following steps: providing an image of the tissue sample in which cell nuclei of the tissue as well as biomarkers are represented, automatically determining for a plurality of locations or regions within the image a blood vessel probability that represents a probability that the image at the corresponding location or region represents a blood vessel, automatically determining an assumed blood vessel location within said image based on a distribution of blood vessel probability with respect to said locations or regions within the image, automatically selecting biomarkers represented in said image at locations outside the assumed blood vessel location but within a threshold distance from said assumed blood vessel location, and automatically evaluating the selected biomarkers. L'invention concerne un procédé d'évaluation assistée par ordinateur de biomarqueurs dans un échantillon de tissu, ainsi qu'un système et un programme informatique correspondants. Le procédé comprend les étapes suivantes : fournir une image de l'échantillon de tissu dans laquelle des noyaux cellulaires du tissu ainsi que des biomarqueurs sont représentés, déterminer automatiquement pour une pluralité d'emplacements ou de régions dans l'image une probabilité de vaisseau sanguin qui représente une probabilité que l'image au niveau de l'emplacement ou de la région correspondant(e) représente un vaisseau sanguin, déterminer automatiquement un emplacement de vaisseau sanguin supposé dans ladite image sur la base d'une distribution de probabilité de vaisseau sanguin par rapport auxdits emplacements ou régions dans l'image, sélectionner automatiquement des biomarqueurs représentés dans ladite image à des emplacements à l'extérieur de l'emplacement de vaisseau sanguin supposé mais à une distance seuil à partir dudit emplacement de vaisseau sanguin supposé, et évaluer automatiquement les biomarqueurs sélectionnés.