METHOD AND DEVICE FOR DECODING DATA SEGMENTS DERIVED FROM OLIGONUCLEOTIDES AND RELATED SEQUENCER

• Main Authors: CHEN, Xiaoming, GAEDKE, Klaus, BLAWAT, Meinolf, HUETTER, Ingo
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 14.09.2017
• Subjects: BASIC ELECTRONIC CIRCUITRY; CODE CONVERSION IN GENERAL; CODING; DECODING; ELECTRICITY

Data segments (21 ) derived from stored oligonucleotides or oligos (20) are decoded, each oligo comprising nucleotides representing information units distributed within segment addresses and payloads, the addresses enabling to order the payloads. The addresses (1 1 1 ) are extracted (1 1 ) and the payloads are ordered (14) in function of those addresses. The segments are further clustered (12) into segment clusters (121 ) in function of edit distances between reference addresses and the extracted addresses, each of those clusters being associated with one of the reference addresses. Cluster payloads (131 ) associated respectively with at least part of the clusters are determined (13), and those cluster payloads are ordered in function of the reference addresses of the clusters associated with the cluster payloads. Application to DNA storage. Selon l'invention, des segments de données (21) dérivés à partir d'oligonucléotides ou oligos stockés (20) sont décodés, chaque oligo comprenant des nucléotides représentant des unités d'informations distribuées dans des adresses de segment et des données utiles, les adresses permettant d'ordonner les données utiles. Les adresses (111) sont extraites (11) et les données utiles sont ordonnées (14) en fonction de ces adresses. Les segments sont en outre groupés (12) en groupes de segments (121) en fonction de distances d'édition entre des adresses de référence et les adresses extraites, chacun de ces groupes étant associé à l'une des adresses de référence. Des données utiles de groupe (131) associées respectivement à au moins une partie des groupes sont déterminées (13), et ces données utiles de groupe sont ordonnées en fonction des adresses de référence des groupes associés aux données utiles de groupe. Application au stockage d'ADN.