GENOMIC INFRASTRUCTURE FOR ON-SITE OR CLOUD-BASED DNA AND RNA PROCESSING AND ANALYSIS

• Main Authors: VAN ROOYEN, Pieter, MEHIO, Rami, MCMILLEN, Robert, J, RUEHLE, Michael
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 20.07.2017
• Subjects: INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

A system, method and apparatus for executing a sequence analysis pipeline on genetic sequence data includes a integrated circuit formed of a set of hardwired digital logic circuits that are interconnected by physical electrical interconnects. One of the physical electrical interconnects forms an input to the integrated circuit connected with an electronic data source for receiving reads of genomic data. The hardwired digital logic circuits are arranged as a set of processing engines, each processing engine being formed of a subset of the hardwired digital logic circuits to perform one or more steps in the sequence analysis pipeline on the reads of genomic data. Each subset of the hardwired digital logic circuits is formed in a wired configuration to perform the one or more steps in the sequence analysis pipeline. L'invention concerne un système, un procédé et un appareil permettant d'exécuter un pipeline d'analyse de séquence sur des données de séquence génétique et comprenant un circuit intégré constitué d'un ensemble de circuits logiques numériques fixes qui sont interconnectés par des interconnexions électriques physiques. L'une des interconnexions électriques physiques constitue une entrée dans le circuit intégré qui est connectée à une source de données électronique pour recevoir les lectures de données génomiques. Les circuits logiques numériques fixes sont agencés comme un ensemble de moteurs de traitement, chaque moteur de traitement étant constitué d'un sous-ensemble des circuits logiques numériques fixes pour effectuer une ou plusieurs étapes du pipeline d'analyse de séquence sur les lectures de données génomiques. Chaque sous-ensemble des circuits logiques numériques fixes peut être constitué selon une configuration câblée de façon à effectuer la ou les étapes du pipeline d'analyse de séquence.