SYSTEMS AND METHODS FOR IDENTIFYING THERMODYNAMICALLY RELEVANT POLYMER CONFORMATIONS

• Main Author: LAKATOS, GREGORY
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 27.12.2013
• Subjects: CALCULATING; CHEMISTRY; COMBINATORIAL CHEMISTRY; COMPUTING; COUNTING; ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; LIBRARIES, e.g. CHEMICAL LIBRARIES, IN SILICOLIBRARIES; MEASURING; METALLURGY; ORGANIC CHEMISTRY; PEPTIDES; PHYSICS; TESTING

Systems, methods and non-transitory computer readable media identify favored polymer conformations. One or more residues are identified and may be replaced in the polymer, or the original primary sequence of the polymer may be retained. The conformations of residues in a subset of residues in a region of the identified one or more residues are altered. This conformational adjustment is repeated for other subsets of residues in the region of the identified one or more residues, and for other conformations, thereby deriving a plurality of polymer structures. A set of clusters is generated for each residue of the polymer using the conformationally adjusted structures, thereby creating sets of clusters. Structures in the plurality of structures are grouped into subgroups when the structures fall into the same clusters across a threshold number of the sets of clusters. One or more physical properties are determined for structures in subgroups, thereby identifying one or more thermodynamically relevant polymer conformations for the polymer. La présente invention concerne des systèmes, des procédés et un support non transitoire lisible par ordinateur qui identifient des conformations de polymères favorisées. Un ou plusieurs résidus sont identifiés et peuvent être remplacés dans le polymère, ou la séquence primaire originale du polymère peut être conservée. Les conformations de résidus dans un sous-ensemble de résidus dans une région du ou des résidus identifiés sont modifiées. Cet ajustement de la conformation est répété pour d'autres sous-ensembles de résidus dans la région du ou des résidus identifiés et pour d'autres conformations, ce qui permet d'en déduire une pluralité de structures de polymères. Un ensemble de grappes est généré pour chaque résidu du polymère à l'aide des structures ajustées selon la conformation, créant ainsi des ensembles de grappes. Des structures dans la pluralité de structures sont regroupées dans des sous-groupes lorsque les structures sont dans les mêmes grappes selon un nombre de seuil des ensembles de grappes. Une ou plusieurs propriétés physiques sont déterminées pour des structures dans des sous-groupes, identifiant ainsi une ou plusieurs conformations de polymères thermodynamiquement significatives pour le polymère.