ANALYZING THE EXPRESSION OF BIOMARKERS IN CELLS WITH CLUSTERS

• Main Author: MCCULLOCH, COLIN CRAIG
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 28.02.2013
• Subjects: CALCULATING; COMPUTING; COUNTING; PHYSICS

A data set of cell profile data is stored. The cell profile data includes multiplexed biometric image data describing the expression of a plurality of biomarkers. Cell profile data is generated from tissue samples drawn from a cohort of patients having an assessment related to the commonality. Multiple sets of clusters of similar cells are generated from the data set; the proportion of cells in each cluster is examined for an association with a diagnosis, a prognosis, or a response; and a predictive set of clusters is selected based on model performance. One predictive set of clusters is selected based on a comparison of the performance of at least one model of the plurality of sets of clusters. Display techniques that aid in understanding the characteristics of a cluster are disclosed. Un jeu de données de données de profil cellulaire est stocké. Les données de profil cellulaire comprennent des données d'images biométriques multiplexées décrivant l'expression d'une pluralité de biomarqueurs. Les données de profil cellulaire sont générées à partir d'échantillons de tissus prélevés sur une cohorte de patients ayant une évaluation liée à la similitude. Des jeux multiples de groupes de cellules similaires sont générés à partir du jeu de données; la proportion de cellules dans chaque groupe est examinée pour une association à un diagnostic, un pronostic, ou une réponse; et un jeu de groupes prédictif est choisi en se basant sur une performance modèle. Un jeu de groupes prédictif est choisi en se basant sur une comparaison des performances d'au moins un modèle de la pluralité de jeux de groupes. La présente invention concerne en outre des techniques d'affichage qui aident à comprendre les caractéristiques d'un groupe.