SYSTEMS AND METHODS OF SELECTING COMBINATORIAL COORDINATELY DYSREGULATED BIOMARKER SUBNETWORKS

• Main Authors: CHOWDHURY, SALIM, AKHTER, CHANCE, MARK, NIBBE, ROD, KOYUTURK, MEHMET
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 27.10.2011
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

Systems and methods of selecting combinatorial coordinately dysregulated biomarker subnetworks are provided. In one embodiment, a method comprises comparing the normalized gene expression data to a predetermined threshold to provide binary gene expression data associated with phenotype samples and control samples, analyzing subnetwork states of the binary gene expression data associated with phenotype samples and control samples to identify gene expression patterns that occur in phenotype samples and do not occur in control samples and identifying a subnetwork that provides gene expression patterns indicative of a sample being a phenotype sample. Systèmes et procédés permettant de sélectionner des sous-réseaux combinatoires de biomarqueurs dérégulés de manière coordonnée. Dans un mode de réalisation, un procédé comprend la comparaison des données d'expression génique normalisées en fonction d'un seuil prédéterminé pour obtenir des données d'expression géniques binaires associées à des échantillons de phénotypes et à des échantillons témoins, pour identifier des profils d'expression génique qui apparaissent dans des échantillons de phénotypes mais n'apparaissent pas dans des échantillons témoins et pour identifier un sous-réseau qui comporte des profils d'expression génique indiquant qu'un échantillon est un échantillon de phénotype.