DISCOVERY OF T -HOMOLOGY IN A SET OF SEQUENCES AND PRODUCTION OF LISTS OF T-HOMOLOGOUS SEQUENCES WITH PREDEFINED PROPERTIES

• Main Authors: PANCOSKA, PETER, DUDAS, PATRICK, M, BRANCH, ROBERT, A
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 25.03.2010
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

System(s) and method(s) for analysis and design of genome sequences are provided. A graph representation of a genome sequence facilitates generation of a thermodynamic based quantity, e.g., an entropy-based and enthalpy-based thermodynamic tolerance [t], which in turn affords estimation of a gene sequence potential function that depends at least upon structural and functional properties of the gene sequence. The gene sequence potential (F) is determined, at least in part, via a generalized Schrödinger equation for the thermodynamic tolerance. Gene sequence potential and thermodynamic tolerance [t], and derived quantities, like thermodynamic tolerance profile and generalized homology, provide an analytic instrument for characterization of natural and synthetic gene sequences, and in conjunction with graph- based algorithms embodies a tool for design of genome sequences with predetermined properties. L'invention concerne un ou des système(s) et procédé(s) d'analyse et de conception de séquences de génome. Une représentation graphique d'une séquence de génome facilite la génération d'une quantité thermodynamique, par ex. une tolérance thermodynamique [t] basée sur l'entropie et sur l'enthalpie, qui permet elle-même l'estimation d'une fonction de potentiel de la séquence génétique dépendant au moins de propriétés structurales et fonctionnelles de la séquence génétique. Le potentiel (F) de la séquence génétique est déterminé, au moins en partie, via une équation de Schrödinger généralisée pour la tolérance thermodynamique. Le potentiel de la séquence génétique et la tolérance thermodynamique [t], ainsi que des quantités qui en sont dérivées comme le profil de tolérance thermodynamique et l'homologie généralisée, constituent un instrument analytique pour la caractérisation de séquences génétiques tant naturelles que synthétiques et, en conjonction avec des algorithmes à base graphique, concrétisent un outil de conception de séquences de génome présentant des propriétés prédéfinies.