SINGLE MOLECULE REAL TIME SEQUENCER, NUCLEIC ACID ANALYZER AND SINGLE MOLECULE REAL TIME SEQUENCING METHOD

• Main Authors: KUMAZAKI, NOBUTAKA, KATO, HIROKAZU, TAKAHASHI, SATOSHI, HAGA, TAKANOBU
• Format: Patent
• Language: English; French; Japanese
• Published: 30.12.2009
• Subjects: APPARATUS FOR ENZYMOLOGY OR MICROBIOLOGY; BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; TESTING; VINEGAR; WINE

To selectively regulate an extension reaction within a desired area in a substrate. An oligo probe provided with a caged compound at the terminus thereof is immobilized to a reaction area in a substrate.  After pouring a reaction solution into a flow cell including the reaction area, the reaction area alone is irradiated with light.  As a result, the photodecomposition-active protecting group at the terminus of the oligo probe that has been immobilized in the reaction area is cleaved off and thus the initiation of a polymerase extension reaction is selectively regulated.  In the flow cell, a plural number of reaction areas are located at constant intervals on the substrate.  The flow cell fixed to a moving stage is moved by a distance equal to the interval between adjacent reaction areas and then light irradiation is carried out.  Next, the extension reaction is measured continuously.  By repeating these operations, the base extension reaction can be stably measured in the flow cell without using complicated channels nor replacing the reaction solution. La présente invention a pour objet de réguler sélectivement une réaction d'extension dans une zone souhaitée d'un substrat. Une sonde oligo comportant un composé en cage à l'extrémité de celle-ci est immobilisée sur une surface de réaction dans un substrat. Après avoir versé une solution de réaction à l'intérieur d'une cuve à flux continu comprenant la zone de réaction, la zone de réaction est la seule à être irradiée avec de la lumière. Par conséquent, le groupe protecteur actif pour la photodécomposition à l'extrémité de la sonde oligo qui a été immobilisée dans la zone de réaction est coupé et l'initiation d'une réaction d'extension par polymérase est ainsi sélectivement régulée. Dans la cuve à flux continu, plusieurs zones de réaction sont localisées à des intervalles réguliers sur le substrat. La cuve à flux continu fixée sur un plateau en mouvement est déplacée d'une distance égale à l'intervalle entre des zones de réaction adjacentes et ensuite, l'irradiation par la lumière est effectuée. Ensuite, la réaction d'extension est mesurée de manière continue. En répétant ces opérations, la réaction d'extension des bases peut être mesurée de manière stable dans la cuve à flux continu sans utiliser de canaux compliqués ni remplacer la solution de réaction.