MICROARRAY-BASED GLOBAL CHROMATIN STRUCTURE MAPPING

Microarray-based methods for identifying positions of protein-DNA complexes on genomic DNA, including in particular human genomic DNA, are provided. The methods can be used to locate positioned nucleosomes, pre-initiation complexes, and other protein-DNA complexes on a global level, thereby permitti...

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Main Authors SONG, JUN, S, OZSOLAK, FATIH, LIU, XIAOLE, S, FISHER, DAVID, E
Format Patent
LanguageEnglish
French
Published 16.04.2009
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Summary:Microarray-based methods for identifying positions of protein-DNA complexes on genomic DNA, including in particular human genomic DNA, are provided. The methods can be used to locate positioned nucleosomes, pre-initiation complexes, and other protein-DNA complexes on a global level, thereby permitting gene expression profiling based on microarray-based analysis of genomic DNA. Methods are provided to characterize and compare various cell types, including cancer cells. Also provided are methods for screening effects of test agents and pharmaceutical agents, including histone deacetylase inhibitors. Also provided are methods for identifying transcription start sites, transcriptionally active promoters, transcription factor binding sites, and transcription factors involved in the regulation of gene expression, including for microRNAs. La présente invention concerne des procédés à base de microarray pour identifier les positions de complexes protéine-ADN sur un ADN génomique, comprenant en particulier l'ADN génomique humain. Les procédés peuvent être utilisés pour localiser des nucléosomes positionnés, des complexes pré-initiation, et d'autres complexes protéine-ADN à un niveau global, de manière à permettre la détermination de profil d'expression génétique basée sur l'analyse à base de microarray d'ADN génomique. La présente invention concerne en outre des procédés pour caractériser et comparer différents types de cellules, comprenant des cellules cancéreuses. La présente invention concerne en outre des procédés pour cribler des effets d'agents d'essai et d'agents pharmaceutiques, comprenant des inhibiteurs d'histone désacétylase. La présente invention concerne en outre des procédés pour identifier des sites de début de transcription, des promoteurs actifs sur le plan transcriptionnel, des sites de liaison de facteur de transcription, et des facteurs de transcription impliqués dans la régulation de l'expression génétique, comprenant des microARN.
Bibliography:Application Number: WO2007US19196