METHODS AND SYSTEMS FOR SEQUENCE-BASED DESIGN OF MULTIPLE REACTION MONITORING TRANSITIONS AND EXPERIMENTS

• Main Authors: HUNTER, CHRISTIE, L, PATEL, ALPESH, A
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 05.06.2008
• Subjects: CALCULATING; COMPUTING; COUNTING; ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING; INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTEDFOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS; PHYSICS

Computer-implementable methods consistent with the present teachings can be used in the design of selective- and multiple-reaction monitoring experiments for the identification of proteins and peptides of interest. By determining candidate parent-daughter ion transition pairs and scoring the pairs based on their ability to be detected experimental design time can be reduced and with a more focused list of transition pairs more experiments can be run successfully in a given period of time. De procédés mis en oevre par ordinateur conformes aux présents enseignements peuvent être utilisés dans la conception d'expériences de suivi de réactions multiples et sélectives pour l'identification de protéines et de peptides d'intérêt. En déterminant de paires de transitions d'ions parents/ions de seconde génération candidates et en notant des paires à partir de leur détectabilité, le temps de conception expérimentale pourrait être réduit ; en établissant une liste plus concentrée de paires de transitions, plus d'expériences peuvent être exécutées avec succès dans une période de temps donnée.