FUNCTIONAL ARRAYS FOR HIGH THROUGHPUT CHARACTERIZATION OF GENE EXPRESSION REGULATORY ELEMENTS

• Main Authors: MYERS, RICHARD, M, TRINKLEIN, NATHAN, D, ALDRED, SHELLEY, F, COOPER, SARA, J
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 28.08.2008
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; COMPOSITIONS THEREOF; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; CULTURE MEDIA; ENZYMOLOGY; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MICROORGANISMS OR ENZYMES; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; SPIRITS; VINEGAR; WINE

The present invention provides compositions, kits, assemblies, libraries, arrays, and high throughput methods for large scale structural and functional characterization of gene expression regulatory elements in a genome of an organism, especially in a human genome. In one aspect of the invention, an array of expression constructs is provided, e.ach of the expression constructs comprising: a nucleic acid segment operably linked with a reporter sequence in an expression vector such that expression of the reporter sequence is under the transcriptional control of the nucleic acid segment, the nucleic acid segment varying in the library and having a diversity of at least 50. The nucleic acid segments can be a large library of gene expression regulatory elements such as transcriptional promoters. The present invention can have a wide variety of applications such as in personalized medicine, pharmacogenomics, and correlation of polymorphisms with phenotypic traits. La présente invention concerne des compositions, des kits, des assemblages, des bibliothèques, des réseaux et des procédés à grande cadence pour la caractérisation structurelle et fonctionnelle à grande échelle d'éléments régulant l'expression génique dans le génome d'un organisme, en particulier dans un génome humain. Un aspect de l'invention concerne un réseau de produits d'assemblage d'expression, chacun des produits d'assemblage d'expression comprenant un segment d'acide nucléique lié de manière opérante à une séquence reporter dans un vecteur d'expression de façon à ce que l'expression de la séquence reporter se trouve sous le contrôle transcriptionnel du segment d'acide nucléique, ledit segment d'acide nucléique étant variable dans la bibliothèque et présentant une diversité au moins égale à 50. Les segments d'acides nucléiques peuvent être une grande bibliothèque d'éléments régulant l'expression génique tels que des promoteurs de transcription. La présente invention peut avoir des applications très diverses, par exemple dans la médecine personnalisée, dans la pharmacogénomique et dans la corrélation de polymorphismes avec des traits phénotypiques.