RAB9 PROTEIN CRYSTAL STRUCTURES AND METHODS FOR IDENTIFYING RAB9 MODULATORS

• Main Authors: DIGIAMMARINO, ENRICO, L, CHEN, LIQING, MEEHAN, EDWARD, J, HODGE, THOMAS, W
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 17.08.2006
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CALCULATING; CHEMISTRY; COMPOSITIONS THEREOF; COMPUTING; COUNTING; CULTURE MEDIA; ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING; ENZYMOLOGY; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MICROORGANISMS OR ENZYMES; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; ORGANIC CHEMISTRY; PEPTIDES; PHYSICS; PROPAGATING, PRESERVING OR MAINTAINING MICROORGANISMS; SPIRITS; TESTING; VINEGAR; WINE

The present invention relates to crystalline Rab9 in complex with either GDP or the GTP analog Guanosine 5'-(ß, ?-imido) triphosphate (GppNHp), the three dimensional coordinates and structures of Rab9 in Rab9-GDP and Rab9-GppNHp complexes, and uses thereof for drug design. In particular, the present invention relates to methods for producing Rab9 crystals of sufficient quality to obtain a determination of the three dimensional structure of Rab9 to a high resolution in both its GTP-bound (on/active) and GDP-bound (off/inactive) conformations. The present invention also relates to a computer-readable medium encoded with the three dimensional coordinates of Rab9 in Rab9-GDP and Rab9-GppNHp complexes wherein, using a graphical display software program, the three dimensional coordinates create an electronic file that can be visualized on a computer capable of representing the electronic file as a three dimensional image. La présente invention a trait à de la Rab9 cristalline en complexe avec soit du GDP ou de l'analogue du GTP Guanosine 5'-(ß, ?-imido) triphosphate (GppNHp), les coordonnées et structures tridimensionnelles de Rab9 dans des complexes Rab9-GDP et Rab9-GppNHp, et leurs utilisations pour la conception de médicaments. En particulier, la présente invention a trait à des procédés pour la production de cristaux de Rab9 de qualité suffisante pour obtenir une détermination de la structure tridimensionnelle de Rab9 à une haute résolution dans ses conformations liée au GTP (amorcée/active) et liée au GDP (désamorcée/inactive). La présente invention a également trait à un support lisible par ordinateur codé avec les coordonnées tridimensionnelles de Rab9 dans des complexes Rab9-GDP et Rab9-GppNHp où, à l'aide d'un programme logiciel d'affichage graphique, les coordonnées tridimensionnelles créent un fichier électronique sous la forme d'une image tridimensionnelle qui peut être visualisée sur un ordinateur capable de représenter le fichier électronique sous la forme d'une image tridimensionnelle.