INVERSE LABELING METHOD FOR THE RAPID IDENTIFICATION OF MARKER TARGET PROTEINS

• Main Author: WANG, YINGQI, KAREN
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 28.04.2005
• Edition: 7
• Subjects: INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; PHYSICS; TESTING

A novel procedure for performing protein labeling for comparative proteomics termed inverse labeling is provided for the rapid identification of marker or target proteins. With this method, to evaluate protein expression of a disease or a drug treated sample in comparison with a control sample, two converse collaborative labeling experiments are performed in parallel. In one experiment the perturbed sample (by disease or by drug treatment) is isotopically heavy-labeled, whereas, the control is isotopically heavy-labeled in the second experiment. When mixed and analyzed with its unlabeled or isotope light counterpart for differential comparison, a characteristic inverse labeling pattern is observed between the two parallel analyses for proteins that are differentially-expressed to an appreciable level.. In particularly useful embodiments, protein labeling is achieved through proteolytic O-incorporation into peptides as a result of proteolysis performed in O-water, metabolic incorporation of N< >(or C< >and H) into proteins, and chemically tagging proteins with an isotope-coded tag reagent such as an isotope-coded affinity tag reagent. Also provided is a novel procedure for preparing and purifying peptides from a protein solution and a novel procedure for identifying marker or target proteins, particular phosphorylated proteins, which combines the procedure for preparing and purifying peptides from a protein solution with inverse labeling. Nouvelle procédure de marquage protéique destinée à la protéomique comparative et désignée marquage inverse, permettant l'identification rapide de protéines cibles ou marqueurs. Selon ce procédé, pour évaluer l'expression de protéines dans un échantillon traité par un médicament ou présentant une maladie, par rapport à un échantillon témoin, deux expériences de marquage collaboratives inverses sont effectuées en parallèle. Dans une expérience, l'échantillon perturbé (par la maladie ou par un médicament) subit un marquage isotopique lourd, tandis que le témoin subit un marquage isotopique lourd dans la seconde expérience. Lorsqu'on effectue un mélange et une analyse avec l'équivalent non marqué ou à isotope léger à des fins de comparaison différentielle, un motif de marquage inverse caractéristique est observé entre les deux analyses parallèles pour des protéines présentant une expression différentielle d'un niveau significatif. Dans des modes de réalisation particulièrement avantageux, le marquage protéique est effectué par une incorporation- O protéolytique dans des peptides suite à une protéolyse effectuée dans de l'eau- O, une incorporation métabolique de N (ou C et H) dans des protéines, et l'étiquetage chimique de protéines avec un réactif d'étiquetage à codage isotopique tel qu'un réactif d'étiquetage d'affinité à codage isotopique. L'invention se rapporte également à une nouvelle procédure de préparation et de purification de peptides à partir d'une solution de protéines et une nouvelle procédure d'identification de protéines cibles ou marqueurs, en particulier des protéines phosphorylées, combinant la procédure de préparation et de purification de peptides à partir d'une solution de protéines avec le marquage inverse.