INVERSE LABELING METHOD FOR THE RAPID IDENTIFICATION OF MARKER/TARGET PROTEINS

• Main Authors: FU, EMIL, W, QUINN, DOUGLAS, FREDERICK, MA, ZHIXIANG, WANG, YINGQI, KAREN
• Format: Patent
• Language: English; French
• Published: 31.10.2002
• Edition: 7
• Subjects: INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; PHYSICS; TESTING

A novel procedure for performing protein labeling for comparative proteomics termed inverse labeling is provided for the rapid identification of marker or target proteins. With this method, to evaluate protein expression of a disease or a drug treated sample in comparison with a control sample, two converse collaborative labeling experiments are performed in parallel. In one experiment the perturbed sample (by disease or by drug treatment) is isotopically heavy-labeled, whereas, the control is isotopically heavy-labeled in the second experiment. Whem mixed and analyzed with its unlabeled or isotope light counterpart for differential comparison, a characteristic inverse labeling pattern is observed between the two parallel analyses for proteins that are differentially expressed to an apreciable level. In particularly useful embodiments, protein labeling is achieved through proteolytic O-incororation into peptides as a result of proteolysis performed in O-water, metabolic incoroporation of N(or C and H) into proteins, and chemically tagging proteins with an isotope-coded tag reagent such as an isotope-coded affinity tag reagent. L'invention concerne un nouveau procédé permettant de réaliser l'étiquetage de protéine pour un étiquetage inverse en termes de protéomique comparative pour l'identification rapide de protéines cibles ou identificatrices. Ce procédé permet d'évaluer l'expression protéinique d'un échantillon malade ou d'un échantillon traité par un médicament par comparaison avec un échantillon de contrôle, deux expériences d'étiquetage collaborationnel converse sont réalisées en parallèle. Selon une expérience, l'échantillon perturbé (par la maladie ou par le traitement médical) est lourdement étiqueté par isotope, alors que l'échantillon de contrôle est lourdement étiqueté par isotope dans la seconde expérience. Lorsqu il est mélangé et analysé avec sa contrepartie légère isotope ou non-étiqueté en vue d'une comparaison différentielle, un motif d'étiquetage inverse caractéristique est observé entre les deux analyses parallèles pour les protéines qui sont exprimées de manière différente à un niveau appréciable. Selon des modes de réalisation particulièrement utiIes, l'étiquetage de protéine est réalisé par incorporation O- protéolytique dans des peptides comme résultat de la protéolyse réalisée dans l'eau O-, l'incorporation métabolique de N(ou C et H) dans des protéines et des protéines étiquetées chimiquement par un réactif d'étiquette codé comme un réactif d'étiquette d'affinité par isotope codé.