DETECTION METHOD OF THE MIRNAS PROFILE (MIRNOMES) IN CANCER AND ITS USE IN THE DETECTION OF NEW POTENTIAL TARGETS WITH THERAPEUTIC PROSPECTS

• Main Authors: Blanca Elena CASTRO MAGDONEL, Noé Valentín DURAN FIGUEROA, Martha Verónica PONCE CASTAÑEDA, Francisco Javier CAMACHO ARROYO
• Format: Patent
• Language: English; Spanish
• Published: 03.01.2020
• Subjects: BEER; BIOCHEMISTRY; CHEMISTRY; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL ORENZYMOLOGICAL PROCESSES; ENZYMOLOGY; INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIRCHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES; MEASURING; MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEICACIDS OR MICROORGANISMS; METALLURGY; MICROBIOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; PHYSICS; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; SPIRITS; TESTING; VINEGAR; WINE

The present disclosure is related to simple and effective methods for detecting the characteristic miRNA profile (miRNOme) of various types of cancer. For example, retinoblastoma (Rb), that are useful for detecting novel potential targets with therapeutic prospect. In the present invention, the analysis of complete miRNOme expression of various clinical retinoblastoma samples using a high-performance platform is described. Includes 2578 mature miRNAs, which were analyzed using a platform that includes 2578 mature miRNAs, applying RMA analysis to normalize the raw data and obtaining categorical data from the detection values, and then use signal intensity data derived from the expression data. Likewise, molecular tools were used to find targets and map miRNAs to chromosomes. As a result, in all the analyzed cases, a core group of 30 highly expressed miRNAs and a group of 993 uniformly absent miRNAs was determined, while a further 1022 miRNAs were variably detected in the samples, reflecting heterogeneity between tumors. mRNAs targets, the pathways and biological processes affected by some of these miRNAs were explored, determining that the core group of 30 miRNAs represents the machinery common to all Rbs, and affects most routes considered cornerstones of cancer. In this core group, miR-3613 was identified as a critical negative regulatory potential node because it is highly expressed in all samples, and its potential mRNAs targets include at least 36 tumor suppressor genes, including the RB1 gene. In the variably expressed genes, 36 of them are differentially expressed between boys and girls, being its target routes associated with hormonal production. The results obtained with the method of the present invention, indicate that retinoblastoma samples share a miRNA profile apart from tumor heterogeneity, and they allow determining novel targets with therapeutic potential for the treatment of the disease. According to the present invention, the methodology described here may be potentially useful for determining the miRNOme of other cancers, in order to find therapeutic targets that may be useful for their treatment. La invención describe métodos sencillos y efectivos para la detección del perfil característico de miRNA (miRNOma) de diversos tipos de cáncer, por ejemplo de retinoblastoma (Rb), que resultan útiles para la detección de potenciales blancos novedosos con potencial terapéutico. En la presente invención se describe el análisis de expresión del miRNOma completo de diversas muestras clínicas de retinoblastoma usando una plataforma de alto rendimiento que incluye 2578 miRNAs maduros, las cuales se analizaron usando una plataforma que incluye 2578 miRNAs maduros, aplicando un análisis RMA para normalizar los datos crudos y obteniéndose datos categóricos a partir de los valores de detección, para después usar datos de intensidad de la señal derivados de los datos de expresión; así mismo se usaron herramientas moleculares para encontrar blancos y mapear los miRNAs a los cromosomas. Como resultado, en todos los casos analizados determinamos un grupo medular de 30 miRNAs altamente expresados y un grupo de 993 miRNAs uniformemente ausentes, mientras que otros 1022 miRNAs fueron detectados de modo variable en las muestras, lo que reflejó heterogeneidad entre tumores. Exploramos los RNAm blancos, las rutas y procesos biológicos afectados por algunos de estos miRNAs, determinando que el grupo medular de 30 miRNAs representa la maquinaria común a todos los Rbs, y afecta la mayoría de las rutas consideradas piedras angulares del cáncer. En este grupo medular, identificamos el miR-3613 como un nodo potencial regulador negativo crítico porque está altamente expresado en todas las muestras y sus potenciales RNAm blancos incluyen al menos 36 genes supresores de tumores, incluyendo al gene RB1. En los genes expresados de modo variable, 36 de ellos están diferencialmente expresados entre niños y niñas, siendo sus rutas blanco asociadas a la producción hormonal. Los resultados obtenidos con el método de la invención indican que las muestras de retinoblastoma comparten un perfil de miRNAs aparte de la heterogeneidad tumoral, y permiten determinar blancos novedosos con potencial terapéutico para el tratamiento de dicha enfermedad. Conforme a la presente invención, la metodología descrita aquí puede ser potencialmente útil para la determinación del miRNOma de otros cánceres, de interés, con la finalidad de encontrar blancos terapéuticos que puedan resultar útiles para su tratamiento.